Könyvtárunk helyi feladatkörű, jelenleg zárt könyvtár, amely állományával elsősorban az egyetem gyógyító, oktató és kutató munkáját segíti. A könyvtár főgyűjtőköre kiterjed a gasztroenterológia és sebészete, az endokrinológia, az érsebészet, az aneszteziológia és intenzív terápia irodalmának válogatással való gyűjtésére, kiegészítő állományunkat a rokon szakmák és társtudományok irodalma képezi.

Gyűjteményünk jelentős részét értékes szakkönyvek, atlaszok, kézikönyvek és folyóiratok alkotják. A nem hagyományos dokumentumok között találhatók kongresszusi kiadványok, disszertációk, szakdolgozatok és rektori pályamunkák. Az egyetem doktori disszertációi könyvtári jellegű kéziratok, olyan tudományos értékű alkotások, melyek nem kölcsönözhetők.

Különgyűjtemény sebészettörténeti válogatás, amely magába foglalja az I.sz. Sebészeti Klinika történetét a kezdetektől napjainkig (írott anyagok és képek), a sebészet (hazai, külföldi) történetét és az Országos Sebészeti Intézet Módszertani Leveleit.