A továbbképzés igényét annak felismerése keltette fel, hogy napjainkban nemcsak hitbeli problémákkal küszködő egyének vagy csoportok fordulnak lelkigondozóhoz, hanem kusza életvitelű, krízishelyzetben levő, lelki egyensúlyukból kisebb-nagyobb mértékben kibillent emberek is. Ezért a lelkigondozónak naprakész, sokszor tudományosan is megalapozott ismeretekkel és hiteles képpel kell rendelkeznie a mai emberről és az őt körülvevő társadalomról. Olyan háttértudást és készségeket kell birtokolnia, amelyekkel segíteni tud a sokféle emberi problémával hozzá forduló egyéneknek és csoportoknak.
A teológiai alapvégzettségű szakembereknek tevékenységük eredményes végzéséhez sok esetben felkészültnek kell lenniük arra, hogy kísérőként álljanak valaki mellett, nehéz élethelyzetében, kríziseiben, betegségében, zavart lelkiállapotában, konfliktusaiban, hitbeli kételyei között, a gyász és az újrakezdés pillanataiban, vagy az új életszakaszokhoz vezető átmeneti időszakokban – például kamaszkor, házasságkötés, gyermekszülés – és minden más élethelyzetben.
Az egyéni segítő kapcsolatra épülő individuális lelkigondozás mellett a lelkigondozó feladata lehet hasonló problémákkal küzdők – például fogyatékkal élő gyermeket nevelő szülők vagy elváltak – csoportjának kísérése is, vagy akár pszichés betegségben szenvedők és családjaik kísérése. A célcsoportokra irányuló lelkigondozás az adott intézmény struktúrájának jellegzetességei között működik, például városi vagy vidéki plébániákon, gyülekezetekben, kórházban, idősek otthonában, családsegítőben, börtönben, a katonaságnál, valamint iskolában, ifjúsági közösségben, kollégiumokban.
A lelkigondozás mindkét (egyéni és csoportos) formája megfelelő szaktudást igényel az adott élet- és munkaterületen. A lelkigondozó kvalifikációjához ezért alap- és szakképzettség, valamint önismeret, személyes érettség és hitbeli stabilitás kell. Ennek eléréséhez a lelkigondozónak magának is szüksége van lelkigondozói vagy lelkivezetői kísérésre, hogy tapasztalatait, határait és saját kérdéseit is fel tudja dolgozni; valamint szaktovábbképzésre, ahol a szükséges humántudományos ismereteit fejleszti egy-egy speciális területen.
A Mentálhigiénés lelkigondozó szakirányú továbbképzési szak ezért a 2002-es indulásakor, nem a hittudományi ismeretek gyarapítását tűzte ki céljául, hanem felsőfokú hitéleti végzettséggel – azaz lelkigondozói kompetenciával – már rendelkezőknek kíván speciális szakkompetenciákat adni. A továbbképzés tehát bölcsészettudományi, társadalomtudományi és klinikai ismeretekkel egészíti ki a hittudományi alapképzésen addig megszerzett tudást, hogy a lelkigondozással foglalkozók e területeken is felkészültebben és hatékonyabban végezhessék lelkigondozói, lelkivezetői munkájukat. A továbbképzés a lelkigondozói tevékenységre irányul, de impulzusokat ad a lelkivezetéshez is.
A továbbképzés indítói kezdettől fogva fontosnak tartják az ökumenikus együttműködést a továbbképzés szellemiségében és az oktatás folyamatában. Ezt úgy kívánják megvalósítani, hogy erősödjön, árnyaltabbá váljon a továbbképzésen résztvevők identitása, ők maguk pedig alkalmasabbakká váljanak a teammunkára. Az együttműködésnek lényegi része, sőt előfeltétele az, hogy a résztvevők meg tudják határozni saját kompetenciájukat, ugyanakkor tudatában legyenek annak, hogy az hol szorul kiegészítésre.
A szak létrejötte és működtetése nemcsak hazánkban, hanem európai viszonylatban is újszerű, az állami és egyházi felsőoktatási intézmények együttműködése, valamint az ökumenikus együttműködés tekintetében, továbbá újdonság az egyetemi szakirányú továbbképzési jelleg.