Klinikánk előzményei több mint két évszázadra nyúlnak vissza. Az 1808/09-es tanévben Elméleti Sebészeti Tanszék néven kezdődött sebészeti oktatás 1812-ig Eckstein János, majd 1814 és 1847 között Veleczky János vezetésével a Hatvani utcában.
Kiss István, a Baross utcai Klinika (akkori nevén II. számú sebészeti klinika) építésze, elsőként kapott a Műegyetemen építészdiplomát 1880. február 27-én. Már fiatalon az igazságügyi minisztérium házi építője lett és rövidre szabott élete folyamán számos jelentős épületet tervezett, melyek többsége ma már Magyarország határain kívül esik. Budapesten a legtöbb megvalósult épülete kórház, de épített néhány magánházat is.
Az előzetes terveket Kiss még 1893-ban, a nőgyógyászati klinikával párhuzamosan készítette, melynek homlokzata erőteljesen hasonlóságot mutat ezzel az épülettel. A sebészeti klinika részletterveinek kidolgozásával 1898 júliusában bízták meg. Kiss olasz reneszánsz stílusú, nyerstégla borítású kórházat tervezett, melyet a Baross utcai főhomlokzaton terrakottával díszített. Az építkezés 1899. július 15-én kezdődött, az építésvezető ismét Schoditsch Lajos és Rupp Frigyes volt, a kivitelezést szintén Mészáros János és Gerstenberger Emil cége végezte.
Az épületre 1900. június 23-án került fel a tető, ekkor tartották a bokrétaünnepet, melyen a kormány képviselői is részt vettek. Kiss köszöntőjében örömét fejezte ki, hogy az épület az általa nem is remélt kivitelben készül.
A négyszintes épület minden tekintetben megfelelt a gyógyítás XX. századi követelményeinek. Külön épületrészbe helyezték a kórtermeket, a tanításra és a műtétekre szolgáló helyiségeket. A jobboldali szárnyban a női betegek, a bal oldaliban a férfi betegek kaptak helyet, középen volt az iskolai rész. Ezen belül volt a nagyméretű gyakorlati oktató műtőterem – a szomszédos nőgyógyászati klinikához hasonló megoldásokkal: közel 10 méteres belmagassággal rendelkezett, a terem három oldalán elhelyezett üléssor 220–240 hallgatót volt képes befogadni és egyszerre akár két műtétet is lehetett itt végezni.
A megvilágítást nappal a mennyezeti és a Baross utcára néző hatalmas ablak – melynél a fényt homályos tükrökkel tompították –, este 32 ívlámpa és 15 fali és függőlámpa biztosította. Volt a középső részben továbbá egy elméleti oktatóterem, valamint olyan is, ahol a járó betegek műtéteit végezhették, de a kényesebb műtétek számára is kialakítottak kisebb helyiséget, ide kevesebb hallgató fért be. Elkülönült továbbá a sürgősségi ellátás és a bentlakó orvosok, ápolók lakásai. Volt könyvtár, laboratórium, múzeum és Röntgen-szoba is. A kórházi részen 132 fekvőbetegnek jutott hely, de szükség esetén ennek az ágyszámnak a dupláját is el tudták helyezni.
A munkálatokkal 1901 októberében végeztek, s novemberben megindult a járóbeteg-ellátás és a betegfelvétel. „Megtaláljuk klinikánk új épületében mindazt, mi a sebeszet gyakorlására és tanítására, a betegek helyes ápolására és ellátására a mai fogalmak szerint szükséges, s megtaláljuk benne mindazt, mi a sebeszet tudományos művelésére megkívánható. Beosztásával s berendezésével megfelel a klinika modern fogalmának” – mondta Réczey Imre, a II. sebészeti klinika igazgatója megnyitóbeszédében. A klinika 1902. január 27-én tartott hivatalos megnyitóján azonban a tervező már nem lehetett jelen. (forrás)
1851−1879 között Stockinger Tamás Kórodai Előkészítő Sebészet Tanszék néven vezette az intézetet immáron a Szent Rókus Kórházban. Lumniczer Sándor kinevezésével 1880-ban vált II. sz. Sebészeti Klinikává és került alaposan átszervezésre az intézmény, mely végül 1902-ben költözött a Baross utcába. Igazgató egyetemi tanárok: Lumniczer Sándor 1880−1892, Réczey Imre 1892−1913, Kuzmik Pál 1914−1926, Bakay Lajos, 1926−1946, Ádám Lajos 1946, Sebestyén Gyula 1948−1954, Rubányi Pál 1954−1957 és 1959−1963, Klimkó Dezső 1957−1959, Mester Endre 1963−1974, Stefanics János 1974−1978. Ekkor a II. sz. Sebészeti Klinika az István Kórházba költözött.
1978 és 1985 között a ház adott otthont a Manninger Jenő professzor által vezetett Országos Traumatológiai Intézetnek, ekkor jelentős rekonstrukció is történt az épület korszerűsítése érdekében. Ezt követően éveken át kihasználatlanul, üresen állt az épület.
A rendszerváltás körül született meg a döntés, hogy itt Transzplantációs és Sebészeti Klinika létesül. Az átépítés 1988-ban kezdődött, majd a klinikát 1994-ben adták át rendeltetésének. Az óriási költséggel rendbe hozott épület megőrizte eredeti szépségét, belül pedig a legkorszerűbb követelményeknek is megfelel. Három légkondícionált műtő, radiológiai részleg, izotóplaboratórium, ultrahang-vizsgáló, endoszkópos egység, központi laboratórium, számítógépes hálózat, tanterem, korszerű oktatási felszerelések, komfortos 1−5 ágyas szobák álnak a betegek és hallgatók rendelkezésére. A 12 ágyas intenzív osztály mellett sebészeti és transzplantációs ágyak teszik ki a 88 ágyat.
A szervátültetéseken kívül más, az általános és egyes speciális sebészet körébe tartozó beavatkozások is történnek (pl. endokrin sebészet, májműtétek, gastrointestinalis beavatkozások).
A klinika igazgatói:
Dr. Perner Ferenc 1990−2002
Dr. Járay Jenő 2003−2009
Dr. Langer Róbert 2009-2014
Dr. Máthé Zoltán 2014-től