Könyvtárunk helyi feladatkörű, jelenleg zárt könyvtár, amely állományával elsősorban az egyetem gyógyító, oktató és kutató munkáját segíti. A könyvtár főgyűjtőköre kiterjed a gasztroenterológia és sebészete, az endokrinológia, az érsebészet, az aneszteziológia és intenzív terápia irodalmának válogatással való gyűjtésére, kiegészítő állományunkat a rokon szakmák és társtudományok irodalma képezi.
Gyűjteményünk jelentős részét értékes szakkönyvek, atlaszok, kézikönyvek és folyóiratok alkotják. A nem hagyományos dokumentumok között találhatók kongresszusi kiadványok, disszertációk, szakdolgozatok és rektori pályamunkák. Az egyetem doktori disszertációi könyvtári jellegű kéziratok, olyan tudományos értékű alkotások, melyek nem kölcsönözhetők.
A Különgyűjtemény sebészettörténeti válogatás, amely magába foglalja az I.sz. Sebészeti Klinika történetét a kezdetektől napjainkig (írott anyagok és képek), a sebészet (hazai, külföldi) történetét és az Országos Sebészeti Intézet Módszertani Leveleit.