Hallgatói Önkormányzat
A Semmelweis Egyetem valamennyi hallgatója automatikusan tagja a Hallgatói Önkormányzatnak. A Hallgatói Önkormányzat elsősorban a hallgatók érdekképviseletét látja el különféle, így többek között tanulmányi, ösztöndíj, vagy éppen fegyelmi ügyekkel kapcsolatban. A HÖK delegáltjai szavazati joggal rendelkeznek a Szenátus, a Kari Tanácsok és egyetemi bizottságok ülésein.
A Hallgatói Önkormányzat évente több mint 50 rendezvényt szervez annak érdekében, hogy minden ide járó hallgató számára megfelelő számú, nívós kikapcsolódási és szórakozási lehetőséget nyújtson. Ezek közül a legnagyobbak a Gólyatábor, Gólyabál, Nemzetközi Karnevál, valamint a szemeszternyitó és -záró zenés rendezvények.
Doktorandusz Önkormányzat
A Semmelweis Egyetem Doktorandusz Önkormányzata (DÖK) ellátja valamennyi, az egyetemmel hallgatói jogviszonyban álló doktorandusz hallgató, valamint doktorjelölt képviseletét, függetlenül attól, hogy tanulmányait milyen oktatási és finanszírozási formában végzi. Céljai megvalósítására tagjai közül demokratikus választás útján létrehozza a DÖK testületeit. Az doktorandusz önkormányzatban minden tudományági doktori iskola (TDI) képviselteti magát.
A DÖK belső autonómiával rendelkezik, szervezeti felépítését, működési rendjét, feladatkörét és a feladatok ellátásának szintjeit a DÖK Alapszabálya tartalmazza. A DÖK képviselteti magát a tudományági doktori iskolák tanácsaiban, a Doktori Iskola állandó bizottságaiban, az Egyetemi Doktori Tanácsban (EDT) és az egyetem Szenátusában is.
Alkalmazotti Tanács
Az Alkalmazotti Tanács (AT) a Munka törvénykönyve üzemi tanácsokra vonatkozó előírásai alapján megalakított testület, tagjait az egyetem munkavállalói maguk közül választják. Az AT a szakszervezettől eltérő hatáskörű, de azzal szoros együttműködésben dolgozó érdekképviseleti szerv. Célja a munkavállalók szociális és gazdasági érdekeinek védelme.
Feladata a munkaviszonyra vonatkozó szabályok megtartásának figyelemmel kísérése és ezzel összefüggésben a munkavállalói érdekképviselet. Feladatait a jogszabály által biztosított tájékoztatási, együttdöntési, véleményezési és megállapodási jogai alkalmazásával gyakorolja. Vezetői tagjai a Szenátusnak, az AT állandó bizottságokba és a kari tanácsokba tagokat delegál, és rendszeresen konzultál az egyetem vezetőivel. A vonatkozó szabályok alapján a munkáltató és az AT közösen dönt a jóléti célú pénzeszközök felhasználásáról (pl. Szociális Krízis Alap), valamint a munkavállalók pihenését szolgáló ingatlanok (pl. üdülők) kérdésében is.
Semmelweis Érdekvédelmi Szövetség
A Semmelweis Érdekvédelmi Szövetség szakszervezeti jogosítványokkal rendelkező, önálló jogi személyiségű társadalmi szervezet, amely a budapesti és a közép-magyarországi régióban az egészségügyi és egészségügyi felsőoktatási dolgozók munkavállalói érdekeit képviseli.
A szervezet a demokrácia, az önkéntesség és az önsegélyezés elve alapján működik.