1. Jogi és Igazgatási Főigazgatóság
3. Szent Rókus Klinikai Tömbigazgatóság
4. Emberierőforrás-gazdálkodási Főigazgatóság
5. Gyermekgyógyászati Klinika Tűzoltó utcai részleg
6. Fogászati és Szájsebészeti Oktató Intézet
8. Általános Orvostudományi Kar
12. Oktatásfejlesztési, -módszertani és -szervezési Központ
15. Belgyógyászati és Onkológiai Klinika
16. Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika
17. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet
19. Egészségügyi Közszolgálati Kar
20. Informatikai Főigazgatóság
22. Testnevelési és Sportközpont
24. Egészségügyi Technológiaértékelő és Elemzési Központ
27. Klinikai Központ Elnökének Hivatala
28. Nemzetközi Hallgatók Képzéseinek Központja
30. Aneszteziológiai és Intenzív Terápiás Klinika
31. Bőr-, Nemikórtani és Bőronkológiai Klinika
32. Genomikai Medicina és Ritka Betegségek Intézet
33. Multidiszciplináris Egynapos Sebészeti Klinika
34. Geriátriai Klinika és Ápolástudományi Központ
35. Sebészeti, Transzplantációs és Gasztroenterológiai Klinika
36. Arc-, Állcsont-, Szájsebészeti és Fogászati Klinika
37. Helyreállító Fogászati és Endodonciai Klinika
39. Gyermekgyógyászati Klinika
43. Pszichiátriai és Pszichoterápiás Klinika
44. Klinikai Pszichológia Tanszék
45. Hallgatói Szolgáltatások Igazgatósága
48. Kerpel-Fronius Ödön Tehetséggondozó Program
49. Szakképző Intézmények Igazgatósága