A Gyógyszerészi Kémiai Intézet Szerves Szintetikus Laboratóriumaiban szintén új, biológiailag aktív vegyületek, elsősorban morfinszármazékok előállításán munkálkodnak.
A Mikrospeciációs Laboratóriumokban sav-bázis szempontból többfunkciós (több lépcsőben protonálható/deprotonálható) vegyületek csoportszintű sav-bázis egyensúlyait vizsgálják, míg a QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship, Kvantitatív Szerkezet-Hatás Összefüggések) Laboratóriumokban a vegyületek oldhatóságával, lipofilitásával és modellmembrán-rendszereken való átjutásával kapcsolatos vizsgálatok folynak.
A Kiroptikai Spektroszkópiai és Elválasztástechnikai Laborokban királis és akirális vegyületek elválasztása, ill. azonosítása történik nagyhatékonyságú folyadékkromatográfiás és kapilláris elektroforézis módszerekkel ill. cirkuláris dikroizmos spektroszkópiával. Minden fenti kutatólabor munkáját támogatja a két nagyműszeres analitikai laboratórium.
A Tömegspektrometriai Laboratóriumban a nagyhatékonyságú folyadékkromatográfiával kombinált tömegspektrometriát (HPLC-MS) ismeretlen anyagok pontos összegképletének meghatározására és biológiai mintákból akár pikogramm mennyiségű anyagok detektálására használják.
A Mágneses Magrezonancia Laboratóriumban működő, 14,1 Tesla térerejű szupravezető mágnessel üzemelő NMR spektrométer alkalmazásával gyógyszer- és biomolekulák, gyógyszerjelöltek pontos szerkezetét határozzák meg és tanulmányozzák a molekulák oldatbeli viselkedését is.