Az egyetem munkatársai által beadott védőoltások száma - 2021. szeptember 16.
387752 Összes oltás

Semmelweis Egyetem, Általános Orvostudományi Kar
A gesztorintézet (és az esetleges közreműködő intézetek) megnevezése:
Semmelweis Egyetem ÁOK, Bioinformatika Tanszék
Közreműködő intézmény: PPKE Információs Technológiai és Bionikai Kar

A tárgy neve: Adatok ábrázolása a bioinformatikában és a rendszerbiológiában
Angol nyelven: Data Visualization in Systems Biology and Bioinformatics
Német nyelven: Datenvisualisierung in Systemsbiologie und in Bioinformatics
Kreditértéke: 1
Teljes óraszám: 30 óra előadás: 15 óra gyakorlat: 15 óra szeminárium: 0
Tantárgy típusa: kötelező kötelezően választható szabadon választható
Tanév: 2021/2022 II. félév

A tantárgy oktatásának célkitűzése, helye az orvosképzés kurrikulumában:

A mérési adatok és komplex eredmények ábrázolása az orvosi és élettudományi vizsgálatok során egy új típusú problémaként jelentek meg. Hogyan készítsünk hatékony képi bemutatást a numerikus vagy szöveges adatokból kiindulva? Hogy sűrítsünk nagymennyiségű adatot, vagy egy mintázatot, illetve egy megjelenítendő trendet egyetlen képbe több ezer vagy millió adatpont esetén? A tantárgy keretein belül szekvenciák, genomok, klinikai mérési és utánkövetési adatok, metagenomok, génexpresszió, fehérjék 3D-s szerkezete, DNS, biológiai hálózatok, populációs vizsgálatok és agyi hálózatok területére fókuszálunk. Az oktatás célja, hogy egy olyan tudást adjon a hallgatók kezébe, amellyel egyrészt a rendelkezésre álló eszközök közül tudnak választani, másrészt viszont ismerik ezen eszközök előnyeit és hátrányait is. A oktatás megszervezését a Semmelweis, a PPKE és a BME által közösen elnyert az EFOP-3.6.2-16 pályázat támogatja.

A tárgy sikeres elvégzése milyen kompetenciák megszerzését eredményezi:
A hallgató képessé válik az alapvető adatábrázolási módszerek pontos alkalmazására. Az egyes módszerek hátrányait és előnyeit ismeri, a kutatási eredmények és a klinikai vizsgálatok értelmezése során a hibákat felismeri.

A tantárgy felvételéhez, illetve elsajátításához szükséges előtanulmányi feltétel(ek):
Sikeres első 4 szemeszter.
A kurzus megindításának hallgatói létszámfeltételei :
Legkisebb hallgatói létszám: 10
Legmagasabb hallgatói létszám: 40

A kurzusra történő jelentkezés módja:
Neptun regisztráció, valamint a következő oldalon:
https://efop362.itk.ppke.hu/workshops/data-visualization/registration/

A tárgy részletes tematikája:

I. Blokk: bevezető
1. Bevezető az adatvizualizálásba, 1 óra, Prof. Dr. Pongor Sándor
2. Emberi érzékelés és az adatok vizualizálása, 1 óra, Dr. Kovács Ilona
3. Gyakorlat: általános adatábrázolás, 2 óra, Dr. Ligeti Balázs

II. Blokk: Klinikai vizsgálatok eredményeinek bemutatása
1. Végpontok alkalmazása orvosbiológiai vizsgálatokban, 1 óra, Prof. Dr. Győrffy Balázs
2. Gyakorlat: Orvosbiológiai adatábrázolás, 2 óra, Dr. Menyhárt Otília

IV. Blokk: Genom és metagenom ábrázolás
1. A molekuláktól a genomon át a metagenomhoz, 2 óra, Prof. Dr. Pongor Sándor
2. Gyakorlat: Genome és metagenom ábrázolás, 3 óra, Dr. Juhász János

III. Blokk: Transzkriptom ábrázolás
1. Fürtelemzés (clustering), 1 óra, Prof. Dr. Győrffy Balázs
2. Gyakorlat: Legelterjedtebb távolságmodellező programok, 2 óra, Dr. Bartha Áron

V. Blokk: Adathálózatok
1. Hálózatok felépítése, 1 óra, Prof. Dr. Pongor Sándor
2. Gyakorlat: Hálózatépítő programok, 2 óra, Dr. Ligeti Balázs

VI. Blokk: 3D modellek proteinek és DNS ábrázolásában
1. Bevezetés a 3D modellezésbe, 2 óra, Dr. Gáspári Zoltán
2. Gyakorlat: Molekuláris vizualizáló programok, 2 óra, Dr. Juhász János, Dr. Gáspári Zoltán

VII. Blokk: Populáció ábrázolás
1. Ágens-alapú és különböző egyenletek modellezése, 2 óra, Dr. Juhász János
2. Gyakorlat: Populáció ábrázolási programok, 2 óra, Dr. Ligeti Balázs

VIII. Blokk: Agyi modellek
1. Agyi hálózati ábrázolás, 2 óra, Prof. Dr. Ulbert István
2. Agyi vizualizálási példák, 2 óra, Prof. Dr. Ulbert István

Az adott tantárgy határterületi kérdéseit érintő egyéb tárgyak. A tematikák lehetséges átfedései:
Biofizika (biostatisztika), Radiológia, Transzlációs medicina

A foglalkozásokon való részvétel követelményei és a távolmaradás pótlásának lehetősége:
Pótlásra nincs lehetőség

A félév aláírásának követelményei:
Az előadásokról és gyakorlatokról történő távolmaradások száma nem lehet több a félév gyakorlatainak 25%-ánál.

A vizsga típusa: Félévközi jegy

Vizsgakövetelmények:
60%-ra teljesített teszt (60% alatt: nem megfelelt, 60-80%: megfelelt, 80% felett: kiválóan megfelelt)

Az osztályzat kialakításának módja és típusa:
Tesztkérdések és feladatok helyes megoldásának aránya alapján.

A vizsgára történő jelentkezés módja:
Neptun

A vizsga megismétlésének lehetőségei:
Kettő alkalommal újabb teszt formájában

A tananyag elsajátításához felhasználható nyomtatott, elektronikus és online jegyzetek, tankönyvek, segédletek és szakirodalom:
Az előadáson elhangzott ismeretek.