A kurzus adatai

Kurzus címe: Alkalmazott bioinformatika az onkológiában
Program: Pathológia Doktori Iskola
Oktató: Prof. Dr. Győrffy Balázs
Szemeszter: 2020/21 II. szemeszter
Kurzus helye: 1094, Budapest, Tűzoltó u. 7-9., II. Gyerekklinika könyvtár
Első óra napja és ideje: 2021 február 3., 16:00
Minimális létszám: 1
Maximális létszám: 7
Vizsga típusa:
A félév végére elkészített írásbeli elemzés, amelynek során bármilyen segédeszköz használata megengedett. Elemzés alapján készült magyar nyelvű jegyzőkönyv = megfelelt. Elemzés alapján készült angol nyelvű beküldött kézirat = kiválóan megfelelt. 

A kurzus leírása

Az oktatás témája egy kiválasztott bioinformatikai projekt publikációs szintű megoldása. Ennek során közösen elvégzett kutatás történik, amely a következő öt területről választott aktuális onkológiai probléma egyike: 1) prediktív biomarker azonosítása, 2) prognosztikus biomarker azonosítása, 3) tumor heterogenitás vizsgálata, 4) evolúció modellezése, 4) regulációs hálózatok elemzése.

Az oktatás hetente egy személyes oktatás mellett (amikor a feladatok meghatározása illetve megbeszélése történik meg, heti 2 óra) jelentős mennyiségű (legalább heti 6 óra) házi feladatot tartalmaz. A kurzus az adott probléma esetén a szükséges kérdések meghatározásával és az adatok azonosításával kezdődik, és egy elkészült kézirat jelenti a kurzus tökéletes teljesítését.

A kurzus elvégzéséhez szükséges minimum az R vagy a Galaxy ismerete. Egy adott projekten a hallgató dolgozhat önállóan vagy párban. A kurzuson csak olyan hallgató vehet részt, aki a “Bionformatika” tárgyat teljesítette és a PhD kutatási témája tartalmaz onkológiát. A kurzusra csak olyan hallgató jelentkezhet, aki rendelkezik már legalább 2 lezárt félévvel a PhD képzés során. Túljelentkezés esetén személyes elbeszélgetés alapján kerülnek a hallgatók kiválasztásra.