A tantárgy leírása

A szűrésekhez, a betegdiagnosztikához és a megfelelő terápia kiválasztásához ma már nincs hiány adatban. A genomika, transzkriptomika és további nagy áteresztőképességű technológiák annyi információt generálnak, amelyet már egyetlen beteg esetében sem lehet emberi aggyal feldolgozni.

Ennek a problémának megoldását teszi lehetővé a bioinformatika, amely a klinikai és biológiai adatok számítógéppel támogatott hatékony alkalmazását takarja.

A tematika részletesebb bontásban négy fő területet tartalmaz. Az elsőt a klinikai és biológiai adatbázisok adják, amelyekben a betegekre vonatkozó információt tároljuk, lehívjuk és struktúrába szervezzük. A másodikba az adatok feldolgozását, modellezést, vizualizálást, elemzését és értelmezését lehetővé tevő számítógépes programok tartoznak. A harmadik az az adatstruktúra, amely az információk tárolása, elérhetővé tétele mellett a szükséges biztonsági szinteket is szolgáltatja. Végül a negyedik terület az adatok klinikai kontextusban történő elemzése, amelynek a közvetlen eredménye egy adott klinikai döntés támogatása.

A tantárgyban oktatott tananyagba tartozik az orvosi bioinformatika (adatbázisok, klinikai osztályozás és döntéstámogató rendszerek, genomika, transzkriptomika, proteomika, a meta-analízis), az orvosi informatika (az öndiagnosztika, adatbiztonság, és a mindennapos orvosi informatikai programok), valamint a mesterséges intelligencia.

Tantárgy adatai és követelmények

Tanév: 2020/2021 I. félév
Tantárgyfelelős neve: Prof. Dr. Győrffy Balázs
Kreditértéke: 2
Teljes óraszám: 28 óra
     előadás: 14 óra,
     gyakorlat: 14 óra,
     szeminárium: 0
Tantárgy típusa: kötelezően választható
A tárgy oktatásának helye:
Előadás:
EOK tanterem
Gyakorlat: EOK számítógépterem

A tantárgy felvételéhez, illetve elsajátításához szükséges előtanulmányi feltétel(ek):
Sikeres első 4 szemeszter.

A kurzus megindításának hallgatói létszámfeltételei (minimum, maximum), a hallgatók  kiválasztásának módja:
Legkisebb hallgatói létszám: 20
Legmagasabb hallgatói létszám: 60

A kurzusra történő jelentkezés módja:
Neptun regisztráció

A megszerzett ismeretek ellenőrzésének módja a szorgalmi időszakban:
Házi feladat, mely a félévi értékelés 33%-át teszi ki.

A félév aláírásának követelményei:
Az előadásokról és gyakorlatokról történő távolmaradások száma nem lehet több a félév gyakorlatainak 25%-ánál.

A vizsga típusa:
A félév kollokviummal zárul.

Vizsgakövetelmények:
A félév végi elméleti vizsga 42 feleletválasztós tesztkérdést tartalmaz.
A gyakorlati vizsga során egy meghatározott bioinformatikai feladatot kell megoldani, amely egyezik a félév során tanult gyakorlati feladatok egyikével, azonban új adatokat tartalmaz. A gyakorlati vizsga elvégzése során bármilyen segédeszköz használata lehetséges, beleértve a saját laptop használatát.

Az osztályzat kialakításának módja és típusa:
A félév végi osztályzat kialakítása a házi feladatok (33%) valamint az elméleti (33%) és a gyakorlati vizsga (33%) alapján ötfokozatú minősítéssel történik.

A tananyag elsajátításához felhasználható nyomtatott, elektronikus és online jegyzetek, tankönyvek, segédletek és szakirodalom (online anyag esetén html cím):
Az előadáson elhangzott ismeretek.