Az orvosi fakultás szervezése a királynő, Mária Terézia, 1769. november 7-én kelt rendelkezése, ún. intimátuma nyomán indult el az akkori egyetlen magyar egyetemen, Nagyszombaton. Az 1777-es évektől kezdődően Budára, majd 1784-től Pestre költözött, és megindult a kar fejlődése.
A gyorsan fejlődő Pest az eddigiekhez képest gazdagabb és változatosabb beteganyagot biztosított, és a klinikai ágyak száma is 16-ra növekedett. Egyre szaporodtak a tanszékek: elméleti orvostan, természetrajz – 1784; állatorvostan – 1787; államorvostan, különös gyógytan – 1793; elméleti sebészet – 1808; szülészet – 1812; szemészet – 1817.
Bécset is megelőzve, 1793-ban az elsők között Pesten kapott önálló tanszéket az államorvostan, ami akkoriban összevontan tartalmazta a törvényszéki orvostant és a közegészségügyet. A himlő elleni védőoltásokat Magyarországon már 1799-től kezdték alkalmazni, 1824-től pedig Gebhardt Ferenc vezetésével Központi Oltóintézet létesült az Orvoskaron belül. A kar tanára volt korának egyik legjelentősebb természettudósa, Kitaibel Pál. Az 1844-ben, Arányi Lajos által alapított Kórbonctani Intézet nemzetközi összehasonlításban is az egyik legkorábbi ilyen intézmény. 1847 elején, mindössze néhány hónappal a Massachussets Hospital-beli első kísérlet után Balassa Pesten már kipróbálta az éteres altatást. Az első altatásos műtétet néhány nappal később Schoepf-Merei Ágost végezte el. A kar a hazai nagy járványok leküzdésében (tífusz, sárgaláz, himlő, a lázadásba torkolló 1831-es és az 1848/49. évi kolera) is mindvégig meghatározó szerepet játszott.
Az orvosképzés időtartamát egy 1774-es rendelet szabályozta első ízben 5, majd az 1786-os tanulmányi rend szerint már csak 4 évre. Az oktatás latinul folyt, majd 1789-ben adták ki az első magyar nyelvű élettan tankönyvet. 1830-ban engedélyezték a magyar nyelv használatát az orvosképzésben, és 1844-ben lett a magyar az oktatás hivatalos nyelve.
Folyamatosan nőtt a tanszékek és a klinikai ágyak száma, míg 1838-ra olyan nagy lett a zsúfoltság, hogy az országgyűlés is foglalkozott az orvoskar helyzetével. A kar tanárai a szűkös körülmények között is igyekeztek lépést tartani az ekkoriban nekilendülő és szakosodó nemzetközi orvostudománnyal, de a szabadságharc leverése után többen börtönbe, emigrációba kényszerültek. A modern orvoskar kiépítése, hatalmas fejlesztési programja 1873-ban kezdődött és 1911-ben zárult le. A meginduló építkezések után az akkor még külterületnek számító Üllői út lett az Orvoskar tengelye, ahol két telepen helyezték el a klinikákat, a füvészkertet és az igazgatóságot. Ezzel egy időben, gyors egymásutánban alakultak az új, gyakran párhuzamos, de kivétel nélkül a kor színvonalán álló, kielégítően felszerelt tanszékek.
Az építkezésekkel párhuzamosan kristályosodott ki, elsősorban az Orvosi Hetilapot is elindító Balassa és Markusovszky körül a „budapesti orvosi iskola”. Semmelweis hatására itt indult meg először a műtéti fertőzések tudatos prevenciója. Az elsők között kapott Budapesten tanszéket a közegészségtan, a kiváló bakteriológus Fodor Józseffel az élén. A Schoepf-Merei és Sauer művét folytató Korányi Frigyes kezdte meg a korszerű alapokon álló magyar belgyógyászati iskola kiépítését. Munkáját fia, Sándor vitte tovább. A „magyar Charcot”-nak is nevezett Jendrassik Ernő az ideggyógyászat, Dollinger Gyula az ortopédia, míg Tauffer Vilmos a műtétes nőgyógyászat és szülészet egyik megalapítója volt. A modern sebészetet meghonosító Lumniczer Sándor elsőként alkalmazta a Lister-féle antiszepszist. Schulek Vilmos, Grósz Emil és Imre József munkássága nyomán ebben az időben vált Európa-hírűvé a magyar szemészet. A gyermekgyógyászatban a Bókayak és Kopits Jenő, a csípőficam nemzetközi szakértője említendő. Az anatómus Lenhossék Mihály az idegrendszer finomabb szerkezetének kutatásával kivívta Nobel-díjas kollégája, Santiago Ramón y Cajal elismerését, aki társának tekintette a neuron-tan megalkotásában. A stomatológiában Árkövy József, a gyógyszertanban Balogh Kálmán voltak kiemelkedők. 1907-ben kapott önálló intézetet a radiológia, annak hazai megalapozójával, Alexander Bélával az élén. Az élettan a cseh származású kitűnő Czermákkal vált korszerű tudománnyá az Orvoskaron. Őt Jendrassik Jenő követte, aki a korszerű magyar fiziológiai iskola megalapítását tűzte maga elé célul.
Szembetűnően emelkedett a hallgatók száma. Az 1860-as években 400-500 között mozgott, az 1880- as évekre meghaladta az 1000 főt. 1872-ben vezették be az egységes orvosképzést, így 1878-tól már csak egyetlen orvosi diploma létezett, „egyetemes orvosi tudományok doktora” megjelöléssel. Az 1875-ös egyetemi szabályrendelet a tanszabadság és autonómia biztosítása mellett, lefektette az új, egyetemes orvosdoktori szigorlati rendet. 1881-től változott a tanév időtartama is. Korábban novembertől augusztusig, ezután szeptembertől júniusig tartott.
A háború okozta gazdasági válság idején, 1922-ben végrehajtott reform fő elvként a kutató- és gyakorló orvos együttes képzését tartotta szem előtt. A tanulmányi idő ekkor emelkedett 6 évre, és ekkor vezették be a ma is használatos rite, cum laude, summa cum laude minősítéseket. A budapesti tudományegyetem 1921. április 14-én felvette alapítója, Pázmány Péter nevét, amit 1950-ig viselhetett.
A hallgatók száma 1945-től kezdődően ugrásszerűen megnőtt, így az 1947/48-as tanévtől bevezették a felvételi vizsgát.
Az ötvenes évek elején több kórházat is az egyetemhez csatoltak, klinikákká alakítva át őket és ekkor alakult meg az önálló Budapesti Orvostudományi Egyetem, mely az Orvoskar alapításának 200. évfordulóján 1969. november 7-én felvette Semmelweis Ignác nevét. A megélénkülő külkapcsolatok elősegítették a magyar szakemberek visszatérését a nemzetközi tudományos és szakmai életbe. Az Általános Orvostudományi Karon 1983-ban beindult a német nyelvű, 1989-ben az angol nyelvű oktatás, melyek azonban igazán csak a rendszerváltás után teljesedtek ki.
Az elméleti és tudományos tevékenység és ezek körülményeinek fejlesztését szolgáló beruházásként 1978-ban készült el a Nagyvárad téri Elméleti Tömb (NET), ami sokáig a SOTE jelképe volt és a maga 89 méteres magasságával Budapest 4. legmagasabb épülete.
2008 szeptemberében valóra vált a ’60-as évek óta elképzelt második elméleti épület terve, a Tűzoltó utcai Elméleti Oktatási Központ (EOK), mely több építészeti szakmai díjat is elnyert. A huszonegyedik századnak megfelelő épületben közel kétezer graduális hallgató oktatása folyik, és magas színvonalú, sok nemzetközi elismerést és kollaborációt hozó, nagy összegű kutatói támogatásokkal jellemezhető kutatómunka folyik.
Az Általános Orvostudományi Kar (korábban: orvosi kar) dékánjai:
1770/71-1772/73 Prandt Ádám Ignác
1773/74-1774/75 Winterl József Jakab
1775/76 Trnka Vencel
1776/77 Prandt Ádám Ignác
1777/78 Schoretits Mihály
1778/79 Winterl József Jakab
1779/80 Trnka Vencel
1780/81 Rácz Sámuel
1781/82 Prandt Ádám Ignác
1782/83 Schoretits Mihály
1783/84 Winterl József Jakab
1784/85 Trnka Vencel
1785/86 Rácz Sámuel
1786/87 Stáhly György
1787/88 Prandt Ádám Ignác
1788/89 Winterl József Jakab
1789/90 Prandt Ádám Ignác
1790/91 Rácz Sámuel
1791/92 Stáhly György
1792/93 Winterl József Jakab
1793/94 Stipsics Ferdinánd Károly
1794/95 Schönbauer József
1795/96 Stipsics Ferdinánd Károly
1796/97 Rácz Sámuel
1797/98 Stáhly György
1797/98-1798/99 Stipsics Ferdinánd Károly
1799/1800-1801/02 Schraud Ferenc
1801/02 Stipsics Ferdinánd Károly
1802/03 Schönbauer József
1803/04-1804/05 Stipsics Ferdinánd Károly
1805/06 Szening János
1805/06-1806/07 Eckstein Ferenc
1807/08-1808/09 Bene Ferenc
1809/10-1810/11 Lenhossék Mihály
1811/12-1812/13 Schuster János
1813/14-1814/15 Reisinger János
1815/16-1816/17 Lenhossék Mihály
1816/17-1817/18 Palkovics András
1818/19-1821/22 Streitt János
1822/23-1825/26 Beer Nepomuk János
1826/27-1829/30 Sadler József
1830/31-1833/34 Csausz Márton
1834/35-1835/36 Csurgovich Sándor
1836/37-1837/38 Birly Ede Flórián
1838/39 Fabiny János Theophil
1839/40 Christen Kristóf
1840/41 Gebhardt Xavér Ferenc
1841/42-1842/43 Bugát Pál
1843/44-1844/45 Eckstein Frigyes
1845/46-1846/47 Havas Ignác
1847/48-1848/49 Schmidt János
1849/50-1854/55 Tognio Lajos
1854/55-1859/60 I. Gebhardt Xavér Ferenc
1859/60 II.- 1860/61 I. Sauer Ignác
1860/61 II.-1862/63 Rupp Nepomuk János
1863/64 Stockinger Tamás
1864/65-1866/67 Lippay Gáspár
1867/68-1868/69 Jendrassik Jenő
1869/70-1880/81 Rupp Nepomuk János
1880/81-1887/88 Balogh Kálmán
1888/89-1891/92 Fodor József
1892/93-1893/94 Mihalkovics Géza
1894/95-1895/96 Hőgyes Endre
1896/97-1897/98 Ajtai Kovách Sándor
1898/99-1899/1900 Klug Nándor
1900/01-1901/02 Bókay Árpád
1902/03-1903/04 Thanhoffer Lajos
1904/05-1905/06 Genersich Antal
1906/07-1907/08 Lenhossék Mihály
1908/09-1909/10 Liebermann Leó
1910/11-1911/12 Tangl Ferenc
1912/13-1913/14 Preisz Hugó
1914/15 Grósz Emil
1915/16-1916/17 Hoór Károly
1917/18 Buday Kálmán
1918/19 Krompecher Ödön
1919/20-1921/22 Kenyeres Balázs
1922/23-1923/24 Vámossy Zoltán
1924/25-1925/26 Jakabházy Zsigmond
1926/27 Tellyesniczky Kálmán
1927/28-1928/29 br. Kétly László
1929/30-1930/31 Farkas Géza
1931/32-1932/33 Szabó József
1933/34-1934/35 Balogh Ernő
1935/36-1936/37 Darányi Gyula
1937/38-1938/39 Belák Sándor
1939/40-1940/41 Orsós Ferenc
1941/42-1942/43 Kiss Ferenc
1943/44-1944/45 Issekutz Béla
1944/45 II. – 1945/46 I. Beznák Aladár
1945/46 II. félév Kiss Ferenc
1946/47 Balogh Károly
1947/48 Melly József
1948/49-1949/50 Babics Antal
1950/51-1954/55 Gegesi Kiss Pál
1955/56-1958/59 Babics Antal
1959/60-1962/63 Tarján Imre
1963/64-1966/67 Zoltán Imre
1967/68-1969/70 Miskovics Gusztáv
1970/71-1972/73 Stefanics János
1973/74-1975/76 Gráf Ferenc
1976/77-1978/79 Miskovics Gusztáv
1979/80-1984/85 Szabó Zoltán
1985/86-1990/91 Fonyó Attila
1991/92-1996/97 De Châtel Rudolf
1997/98-2000/01 Sótonyi Péter
2001/02-2005/06 Szollár Lajos
2006/07-2012/13 Karádi István
2013/14-2018/19 Hunyady László
2019/2024 Kellermayer Miklós
2024- Nyirády Péter