Projektről
A daganat ellenes gyógyszerfejlesztések manapság a világ egyik vezető piaci területét képezik. Orvos-biológiai vonatkozású bioinformatikai kutatások területén nemzetközi, valamint a Nemzeti Kutatási Fejlesztési és Innovációs Hivatal kutatási pályázataival (OTKA #124652 és OTKA #129664) támogatott tudományos csoportunk öt éve foglalkozik ezen a területen kutatásokkal. Munkánk során új terápiás célpontokat, valamint prediktív és prognosztikus faktorokat keresünk daganatos betegségekben; eredményeinket évente több alkalommal nivós, nemzetközi folyóiratokban publikáljuk, ezáltal ezen a területen az egyik kiemelkedő munkacsoporttá nőttük ki magunkat.
Az adataink exponenciális növekednek, kutatási eredményeink kétévente megduplázódnak! Eredményeket összetett adatelemzési, adatvizualizációs, Big Data és AI (machine learning) megoldásokkal elemezzük, melyek tovább erősítik pozíciónkat nemzetközi vonatkozásban is. Ezekhez a feladatokhoz keressünk TDK hallgatót.
Kutatás összefoglalója, célkitűzései
A daganatos betegségekben a korai felismeréshez hatékony, a szervezetet nem károsító módszer nem áll rendelkezésre. Annak ellenére, hogy napjainkra a terápiás lehetőségek széles repertoárja áll már rendelkezésünkre (kemo- radio- targeted- és immunterápiák és kombinációik), a betegek terápiás válasza nagyfokú heterogenitást, mutat, melyek hátteréről sok esetben nem ismert tudományos adat. Az elmúlt időben a kutatók összefüggést találtak számos (daganatos) betegség és a szervezetben előforduló baktériumok és más molekulák között. Egyik célunk a daganatos betegek székletének, vérének, vizeletének mikrobiális profiljainak (taxonómia és metabolitok) mélyreható vizsgálata valamint a betegek vérében keringő daganatos sejtek DNS és RNS mintázatának felderítése, melyet a „folyékony biopszia (liquid biopsy)” mintavételek elterjedése miatt egyre szélesebb körben alkalmaznak tumoros betegek diagnosztikájában és monitorozásában. Az így keletkezett nagy mennyiségű adatot szeretnénk összefüggésbe hozni tüdőrákos betegek klinikai paramétereivel, illetve terápiás válaszával, beleértve azok mellékhatásprofilját és sikerességét.
A kutatás analitikai része kiegészül betegek tumormintáinak molekuláris szövettani vizsgálatával, mely során immuncitokémia (IHC) és RNAscope© technikákkal potenciális biomarkerek in situ azonosítása történik meg. A marker molekulák expressziós mintázatát kvalitatív (fluoreszcens kettős festések, IHC-RNAscope multiplexing) és kvantitatív módszerek (manuális és szoftveres automatizált scoring és morfometria) segítségével elemezzük ki és hozzuk összefüggésbe a betegek klinikai paramétereivel, beleértve a teljes és progressziós-mentes túlélésüket (OS és PFS).
Az így nyert adatok és összefüggések segíthetnek a betegség szűrésében, korai diagnózisában, valamint az alkalmazott kezelés hatékonyságának növelésében, továbbá mellékhatásainak csökkentésében. Eredményeink hozzájárulnának a daganatos betegek életminőségének javulásához, és hatással lehetnek túlélésre is. Továbbá a biomarkerek vizsgálata lehetőséget nyithat gyógyszeres célpontok azonosítására.
TDK-hallgatóknak
Munkavégzés helye és ideje
Törökbálint Tüdőgyógyintézet alkalmanként
Anatómiai, Szövet és Fejlődéstani Intézet, Semmelweis Egyetem heti 1 nap
Feladatok
- Több ezer beteg klinikai adatát lekérdezni az informatikai rendszerből, feldolgozni kutatási szempontok és az irodalom alapján. Lekérdezések, adatbázis építés és kezelés
- Nagymennyiségű klinikai és biomarker adat feldolgozása, statisztikai számítások
- Összefüggések keresése az adathalmazból; az adatok rendszerezése és szintetizálása
- Adatvizualizáció
- Rutin szövettani technikák humán és kisérletes egér szöveteken: szervek izolációja, fixálása, beágyazása, metszése, immunfestése. Mikroszkópos képanalízis.
- Szoftveres képanalízis, morfometria, immunfestések kvantitatív elemzéséhez „scoring” technikák fejlesztése és használata
Csapat
- A csapat 7 fős, mely várhatóan két postdoc, két PhD-hallgatót, két TDK hallgatót és egy laboratóriumi szakasszisztenst fog jelenteni. A csapat tagjai egymással és a Törökbálinti Tüdőgyógyintézet orvosaival, ápolóival fognak kommunikálni, egyeztetni. A feladatok elsősorban a két kutatásvezetőtől érkeznek, illetve az eredmények bemutatása, riportálás is feléjük történik
- Megbeszélések heti 1×45 perc online. Havonta egyszer várhatóan személyesen hosszabban
Elvárások
- Folyamatban lévő egyetemi tanulmányok: orvosin teljesített 3 év, máshol BSc diploma, vagy BSc utolsó féléve (orvos, biológus, bioinformatikus, mérnök-informatikus, egészségügyi mernök, molekuláris bionika, programozó matematikus, biomérnök)
- Folyékony angol nyelvtudás szóban és írásban (eredmények részletes kidolgozása, értelmezése angol nyelven)
- Adatbázisok használatában, kezelésében szerzett alapszintű tapasztalat
- Magasszintű önállóság, proaktivitás, szakmai kíváncsiság
Előnyök - Rutin szövettani technikában szerzett alapszintű tapasztalat (metszés, rutin szövettani festés)
- Immunhisztokémiában és mikroszkópiában szerzett tapasztalat
- SQL és legalább egy scriptnyelv alapszintű ismerete (R vagy Python)
- Matematikai, statisztikai eszközök és módszertanok ismerete
- Genomikai/Transzkriptomikai/Proteomikai adatok elemzésében szerzett tapasztalat
- Szoftveres képanalízisben, mérésekben és szerkesztésben szerzett tapasztalat (ImageJ, Adobe Photoshop/Illustrator)
Kompenzáció
- Lehetőség a későbbiekben PhD képzésbe való becsatlakozásra
- Lehetőség TDK konferencián való részvételre, rektori pályamunka, szakdolgozat írására
- Nivós tudományos közleményekben szerzőség
- Szövettani és RNS/Protein in situ detektálására épülő technikák (IHC, RNAscope, Multiplexing) elsajátítása
- Magasszintű adatelemzési és vizualizációs technikák elsajátításának lehetősége
- Szabadon választott tréningek, nemzetközi konferenciákon való részvétel
- Betekintési lehetőség nemzetközi szinten is orvosbiológiai és gyógyszertámadáspontok fejlesztésébe
PhD-hallgatóknak
Munkavégzés helye és ideje
Törökbálint Tüdőgyógyintézet heti 20 óra
Anatómiai, Szövet és Fejlődéstani Intézet, Semmelweis Egyetem alkalmanként
Feladatok
- Több ezer beteg klinikai adatát lekérdezni az informatikai rendszerből, feldolgozni kutatási szempontok és
az irodalom alapján. Lekérdezések, adatbázis építés és kezelés - Nagymennyiségű klinikai és biomarker adat feldolgozása, statisztikai számítások
- Összefüggések keresése az adathalmazból; az adatok rendszerezése és szintetizálása
- Adatvizualizáció
- Rutin szövettani technikák humán és kisérletes egér szöveteken: szervek izolációja, fixálása, beágyazása,
metszése, immunfestése. Mikroszkópos képanalízis - Szoftveres képanalízis, morfometria, immunfestések kvantitatív elemzéséhez „scoring” technikák
fejlesztése és használata - Javaslattétel arra vonatkozóan, hogy MIT kell mérni, és MIT lehet az adatokból kinyerni
- Pályázatok, tudományos publikációk írásában való részvétel a vezető kutatókkal
Csapat
- A csapat 7 fős, mely várhatóan két postdoc, két PhD-hallgatót, két TDK hallgatót és egy laboratóriumi
szakasszisztenst fog jelenteni. A csapat tagjai egymással és a Törökbálinti Tüdőgyógyintézet orvosaival,
ápolóival fognak kommunikálni, egyeztetni. A feladatok elsősorban a két kutatásvezetőtől érkeznek,
illetve az eredmények bemutatása, riportálás is feléjük történik - Megbeszélések heti 1×45 perc online. Havonta egyszer várhatóan személyesen hosszabban
Elvárások
- MSc diploma a területen (orvos, biológus, bioinformatikus, mérnök-informatikus, egészségügyi mernök,
molekuláris bionika, programozó matematikus, biomérnök) - Folyékony angol nyelvtudás szóban és írásban (eredmények részletes kidolgozása, értelmezése angol
nyelven) - Alapvető ismeretek adatbázisok használatában, kezelésében
- Matematikai, statisztikai eszközök és módszertanok ismerete
- Magasszintű önállóság, proaktivitás, szakmai kíváncsiság
Előnyök
- Metagenomikai (mikrobiális) adatok (DNS, RNS, fehérjék, kémiai vegyületek meglévő adatbázisokból)
elemzésében szerzett tapasztalat (MetaPhlan, Humann, Megan) - Genomikai/Transzkriptomikai/Proteomikai adatok elemzésében szerzett tapasztalat
- SQL és legalább egy scriptnyelv alapszintű ismerete (R vagy Python)
Adatvizualizációs tapasztalat - Rutin szövettani technikában szerzett alapszintű tapasztalat (metszés, rutin szövettani festés)
- Immunhisztokémiában és mikroszkópiában szerzett tapasztalat
- Szoftveres képanalízisben, mérésekben és szerkesztésben szerzett tapasztalat (ImageJ, Adobe
Photoshop/Illustrator)
Kompenzáció
- Ösztöndíjas PhD pozíció és lehetőség PhD fokozat szerzésére
- Félév munka után lehetőség PhD ösztöndíj melletti bérkiegészítésre
- Nivós tudományos közleményekben szerzőség (D1-Q1)
- Szövettani és RNS/Protein in situ detektálására épülő technikák (IHC, RNAscope, Multiplexing) elsajátítása
- Magasszintű adatelemzési és vizualizációs technikák elsajátításának lehetősége
- Szabadon választott tréningek, nemzetközi konferenciákon való részvétel
- Betekintési lehetőség nemzetközi szinten is orvosbiológiai és gyógyszertámadáspontok fejlesztésébe
Postdoc kutatóknak
Munkavégzés helye
Tüdőgyógyintézet Törökbálint, teljes munkaidő, heti 40 óra
Anatómiai, Szövet és Fejlődéstani Intézet, Semmelweis Egyetem, alkalmanként
Feladatok
- Nagymennyiségű adatból valós korrelációk, minták megtalálása adatbányászati módszerrel. Nyílt hozzáférésű klinikai és genetikai/transzkriptomikai/proteomikai adatbázisokhoz való hozzáférés, adatlehívás és kezelés (TCGA, Oncomine, NCBI, stb…)
- Több ezer beteg klinikai adatát lekérdezni az informatikai rendszerből, feldolgozni kutatási szempontok és az irodalom alapján. Lekérdezések, adatbázis építés és kezelés
- Osztályos orvosokkal, ápolókkal való való kommunikáció és koordináció és PhD-hallgatók és az asszisztens irányítása a betegminták gyűjtése, tárolása és feldolgozása kapcsán.
- Nagymennyiségű klinikai és biomarker adat feldolgozása, statisztikai számítások
- Összefüggések keresése az adathalmazból; az adatok rendszerezése és szintetizálása
- Adatvizualizáció
- Algoritmusok fejlesztése és hatékonyságuk ellenőrzése, „proof of concept” hetente update
- Szoftveres képanalízis, morfometria, immunfestések kvantitatív elemzéséhez „scoring” technikák fejlesztése és használata
- Javaslattétel arra vonatkozóan, hogy MIT kell mérni, és MIT lehet az adatokból kinyerni
- Pályázatok, tudományos publikációk írásában való részvétel a vezető kutatókkal
Csapat
- A csapat 7 fős, mely várhatóan két postdoc, két PhD-hallgatót, két TDK hallgatót és egy laboratóriumi szakasszisztenst fog jelenteni. A csapat tagjai egymással és a Törökbálinti Tüdőgyógyintézet orvosaival, ápolóival fognak kommunikálni, egyeztetni. A feladatok elsősorban a két kutatásvezetőtől érkeznek, illetve az eredmények bemutatása, riportálás is feléjük történik
- Megbeszélések online hetente 2×45 perc időtartamban. Havonta egyszer várhatóan személyesen hosszabban
Elvárások
- MSc és PhD-fokozat a területen (orvos, biológus, bioinformatikus, mérnök-informatikus, egészségügyi mernök, molekuláris bionika, programozó matematikus, biomérnök)
- Folyékony angol nyelvtudás szóban és írásban (eredmények részletes kidolgozása, értelmezése angol nyelven)
- Genomikai/Transzkriptomikai/Proteomikai adatok elemzésében szerzett gyakorlat
- SQL és legalább egy scriptnyelv emelt szintű ismerete (R vagy Python)
- Adatvizualizációs tapasztalat
- Adatbázisok használatában szerzett gyakorlat
- Matematikai, statisztikai eszközök, algoritmusok, illetve adatbányász eszközök és módszertanok ismerete
- Magasszintű önállóság, proaktivitás, szakmai kíváncsiság
Előnyök
- Metagenomikai (mikrobiális) adatok (DNS, RNS, fehérjék, kémiai vegyületek meglévő adatbázisokból) elemzésében szerzett tapasztalat (MetaPhlan, Humann, Megan)
- Szoftveres képanalízisben, mérésekben és szerkesztésben szerzett tapasztalat (ImageJ, Adobe Photoshop/Illustrator)
- Nyílt hozzáférésű klinikai és genetikai/transzkriptomikai/proteomikai adatbázisokhoz való hozzáférés, adatlehívás és kezelés (TCGA, Oncomine, NCBI, stb…)
Kompenzáció
- Megegyezés szerint
- Nivós tudományos közleményekben szerzőség
- Szabadon választott tréningek, nemzetközi konferenciákon való részvétel
- Szakmai fejlődés lehetősége, mely megágyazhat a későbbiekben a jelölt tudományos karrierjének, vezető kutatóként
- Betekintési lehetőség nemzetközi szinten is orvosbiológiai és gyógyszertámadáspontok fejlesztésébe
Referenciák:
https://scholar.google.com/citations?user=d2Kh52oAAAAJ&hl=en
https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=CbC9oxIAAAAJ
Kontakt:
Dr. Lohinai Zoltán PhD,
Pulmonológia,
onkológia szakorvos, kutatásvezető
zoltan.lohinai@koranyi.hu; +36 30 437 8992
Dr. Dóra Dávid PhD,
egyetemi adjunktus, kutatásvezető
dora.david@med.semmelweis-univ.hu +36 30 375 0652