Az egyetem munkatársai által beadott védőoltások száma - 2021. július 28.
350845 Összes oltás

A Bioinformatika Tanszéken meghirdetett TDK témák


Téma címe: A terápiás válasz biomarkerei

Témavezető: Fekete János Tibor

Leírás: A prediktív biomarkerek a terápiás válasz előrejelzésére szolgálnak a kezelés megkezdése előtt. Célunk az, hogy génexpressziós adatokon alapuló elemzés segítségével újabb potenciális biomarker jelölteket azonosítsunk elsősorban onkológiai területen.

Téma jellege: bioinformatika

Kapcsolat: fekete.janos@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Mutációk transzkriptomikus hatásának vizsgálata szolid tumorokban

Témavezető: Dr. Nagy Ádám

Leírás: A mutációk génexpresszióra gyakorolt hatásának megértése a rosszindulatú daganatos betegségekben egy összetett feleadat. Egyes esetekben a mutációknak nincsen közvetlen hatása a daganatos betegek túlélésre, azonban a mutáció által befolyásolt génexpressziós változások számos daganattípus esetén jelentősen befolyásolják a betegek túlélését. Ezen génkifejeződési változások vizsgálatához teljes exom és RNS szekvenálási, valamint microarray adatokat használunk fel.

Téma jellege: programozás, bioinformatika

Kapcsolat: nagy.adam1@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Daganatok génexpressziós vizsgálata

Témavezető: Dr. Bartha Áron

Leírás: A rosszindulatú daganatos betegségek kezelése során kulcsfontosságú, hogy lehetőleg olyan kezelést alkalmazzunk, amelynek minimális a mellékhatása, viszont a tumorra specifikus hatást fejt ki. Ez legkönnyebben úgy valósítható meg, ha az általunk választott gén nem, vagy alig expresszálódik normál szövetekben. Ezen gének azonosításához nagy mennyiségű adatot elemzünk bioinformatikai eszközökkel.

Téma jellege: bioinformatika 

Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Vesedaganatok proteom és transzkriptom szintű elemzése

Témavezető: Dr. Bartha Áron

Leírás: A korai stádiumú vese karcinómás betegek túlélési aránya viszonylag kedvező (a betegek 93% -a meghaladja az ötéves túlélést), a távoli áttététes betegek prognózisa jelentősen rosszabb. Ezért a vesesejtes karcinóma kialakulásában és progressziójában részt vevő kulcsgének és fehérjék azonosítása értékes információkkal szolgálhat a betegek túlélésének meghosszabbításához. A munka során normál és vesesejtes karcinómából származó minták RNS expressziós és fehérje expressziós adatait felhasználva végzünk biomarker kutatást.

Téma jellege: bioinformatika 

Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Az immunterápiás kezelések hatékonyságának vizsgálata melanomás betegekben genomikai és proteomikai eszközökkel

Témavezető: Dr. Bartha Áron, Kovács Szonja Anna

Leírás: A melanóma a leggyakrabban előforduló rosszindulatú daganat a bőrön. Az elérhető terápiás lehetőségek mennyisége és hatékonysága egyre növekszik, a kezelésekkel szembeni rezisztencia továbbra is komoly probléma. A távoli áttétes betegek túlélési esélyeit tekintve jól látható, hogy a jelenleg elterjedt terápiás lehetőségek tovább bővíthetőek és újragondolhatóak. A vizsgálat célja, hogy terápiás válaszban potenciálisan részt vevő és a túléléshez köthető genetikai faktorokat, biomarkereket felmérjük.

Téma jellege: betegkapcsolat (mintagyűjtés, adatgyűjtés) és/vagy bioniformatika

Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Hordható bioszenzorok szerepe gyakori betegségek állapotkövetésében

Témavezető: Dr. Vas Nikoletta

Leírás: Kereskedelmi forgalomban kapható karórákba épített, a fotopletizmográfia elvén működő bioszenzorok regisztrátumainak korrelációját vizsgáljuk az adott paraméter vizsgálatára validált, standardnak minősülő diagnosztikai vizsgálatok eredményével. A nyert adatokat a hordható bioszenzorokon alapuló alkalmazások szív-érrendszeri és anyagcserebetegségek korai diagnosztikájában betöltött szerepének vizsgálatára, pontosságuk objektív meghatározására és növelésére irányuló kutatásban használjuk fel.

Téma jellege: Kapcsolattartás a vizsgálatban résztvevő betegekkel, partner klinikai ambulanciákon mintagyűjtés, adatgyűjtés elektronikus egészségügyi dokumentációból.

Kapcsolat: vas.nikoletta@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Onkológiai szövet- és vérminták gyűjtése, feldolgozása: részvétel a Semmelweis Onkobank munkájában

Témavezető: Dr. Varga Ágnes

Leírás: A Bioinformatika Tanszék multiomikai kutatásaihoz szükségünk van daganatos megbetegedésben szenvedő egyének vér- és szövetmintáira,- valamint daganatos megbetegedésben nem szenvedő egyének vérmintáira. Ezt a mintagyűjtést a Semmelweis Onkológiai Szövetbank végzi. A hallgató betekintést nyerhet az Onkobank működésébe, részt vehet a mintagyűjtésben. A kapcsolódó kutatás részeként a biológiai mintából RNS-t, DNS-t és fehérjét izolálálunk, amit a későbbi genomikai, transzkriptomikai és proteomikai vizsgálatokban használunk fel. 

Téma jellege: betegkapcsolat, labormunka

Kapcsolat: varga.agnes1@med.semmelweis-univ.hu


Téma címe: Kemoterápiás szerekkel szembeni rezisztenciamarkerek vizsgálata emlőrákos sejtvonalakon

Témavezető: Dr. Munkácsy Gyöngyi, Kovács Szonja Anna

Leírás: A rosszindulatú daganatok kezeléséhez használt terápiás szerekkel szembeni rezisztencia markerei bioinformatikai adatbázisokból kinyerhetők. A kiválasztott markereket sejtkultúrás modellen igazoljuk, miközben a hallgató elsajátítja az alapkutatásokhoz nélkülözhetetlen laboratóriumi módszereket.

Téma jellege: labormunka 

Kapcsolat: munkacsy.gyongyi@med.semmelweis-univ.hu; kovacs.szonja@phd.semmelweis.hu


Téma címe: Klinikai kimenet és diagnózis modellezése sokdimenziós adatokon

Témavezető: Dr. Menyhárt Otília

Leírás: A klinikai vizsgálatok során gyűjtött hatalmas adatmennyiségből a megfelelő eszközökkel diagnózist valamint előrejelzést elősegítő információ nyerhető ki.  A TDK munka keretében a gépi tanulás eszközeivel a klinikai kimenet előrejelzésére alkalmas prediktív modellek kidolgozására fókuszálunk sokdimenziós adatokból kiindulva. Előny a bioinformatikai érdeklődés, R vagy Galaxy ismerete.

Téma jellege: bioinformatika

Kapcsolat: menyhart.otilia@med.semmelweis-univ.hu