A Bioinformatika Tanszéken meghirdetett TDK témák
Téma címe: A terápiás válasz biomarkerei
Témavezető: Fekete János Tibor
Leírás: A prediktív biomarkerek a terápiás válasz előrejelzésére szolgálnak a kezelés megkezdése előtt. Célunk az, hogy génexpressziós adatokon alapuló elemzés segítségével újabb potenciális biomarker jelölteket azonosítsunk elsősorban onkológiai területen.
Téma jellege: bioinformatika
Kapcsolat: fekete.janos@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Mutációk transzkriptomikus hatásának vizsgálata szolid tumorokban
Témavezető: Dr. Nagy Ádám
Leírás: A mutációk génexpresszióra gyakorolt hatásának megértése a rosszindulatú daganatos betegségekben egy összetett feleadat. Egyes esetekben a mutációknak nincsen közvetlen hatása a daganatos betegek túlélésre, azonban a mutáció által befolyásolt génexpressziós változások számos daganattípus esetén jelentősen befolyásolják a betegek túlélését. Ezen génkifejeződési változások vizsgálatához teljes exom és RNS szekvenálási, valamint microarray adatokat használunk fel.
Téma jellege: programozás, bioinformatika
Kapcsolat: nagy.adam1@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Daganatok génexpressziós vizsgálata
Témavezető: Dr. Bartha Áron
Leírás: A rosszindulatú daganatos betegségek kezelése során kulcsfontosságú, hogy lehetőleg olyan kezelést alkalmazzunk, amelynek minimális a mellékhatása, viszont a tumorra specifikus hatást fejt ki. Ez legkönnyebben úgy valósítható meg, ha az általunk választott gén nem, vagy alig expresszálódik normál szövetekben. Ezen gének azonosításához nagy mennyiségű adatot elemzünk bioinformatikai eszközökkel.
Téma jellege: bioinformatika
Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Vesedaganatok proteom és transzkriptom szintű elemzése
Témavezető: Dr. Bartha Áron
Leírás: A korai stádiumú vese karcinómás betegek túlélési aránya viszonylag kedvező (a betegek 93% -a meghaladja az ötéves túlélést), a távoli áttététes betegek prognózisa jelentősen rosszabb. Ezért a vesesejtes karcinóma kialakulásában és progressziójában részt vevő kulcsgének és fehérjék azonosítása értékes információkkal szolgálhat a betegek túlélésének meghosszabbításához. A munka során normál és vesesejtes karcinómából származó minták RNS expressziós és fehérje expressziós adatait felhasználva végzünk biomarker kutatást.
Téma jellege: bioinformatika
Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Az immunterápiás kezelések hatékonyságának vizsgálata melanomás betegekben genomikai és proteomikai eszközökkel
Témavezető: Dr. Bartha Áron, Kovács Szonja Anna
Leírás: A melanóma a leggyakrabban előforduló rosszindulatú daganat a bőrön. Az elérhető terápiás lehetőségek mennyisége és hatékonysága egyre növekszik, a kezelésekkel szembeni rezisztencia továbbra is komoly probléma. A távoli áttétes betegek túlélési esélyeit tekintve jól látható, hogy a jelenleg elterjedt terápiás lehetőségek tovább bővíthetőek és újragondolhatóak. A vizsgálat célja, hogy terápiás válaszban potenciálisan részt vevő és a túléléshez köthető genetikai faktorokat, biomarkereket felmérjük.
Téma jellege: betegkapcsolat (mintagyűjtés, adatgyűjtés) és/vagy bioniformatika
Kapcsolat: bartha.aron@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Hordható bioszenzorok szerepe gyakori betegségek állapotkövetésében
Témavezető: Dr. Vas Nikoletta
Leírás: Kereskedelmi forgalomban kapható karórákba épített, a fotopletizmográfia elvén működő bioszenzorok regisztrátumainak korrelációját vizsgáljuk az adott paraméter vizsgálatára validált, standardnak minősülő diagnosztikai vizsgálatok eredményével. A nyert adatokat a hordható bioszenzorokon alapuló alkalmazások szív-érrendszeri és anyagcserebetegségek korai diagnosztikájában betöltött szerepének vizsgálatára, pontosságuk objektív meghatározására és növelésére irányuló kutatásban használjuk fel.
Téma jellege: Kapcsolattartás a vizsgálatban résztvevő betegekkel, partner klinikai ambulanciákon mintagyűjtés, adatgyűjtés elektronikus egészségügyi dokumentációból.
Kapcsolat: vas.nikoletta@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Onkológiai szövet- és vérminták gyűjtése, feldolgozása: részvétel a Semmelweis Onkobank munkájában
Témavezető: Dr. Varga Ágnes
Leírás: A Bioinformatika Tanszék multiomikai kutatásaihoz szükségünk van daganatos megbetegedésben szenvedő egyének vér- és szövetmintáira,- valamint daganatos megbetegedésben nem szenvedő egyének vérmintáira. Ezt a mintagyűjtést a Semmelweis Onkológiai Szövetbank végzi. A hallgató betekintést nyerhet az Onkobank működésébe, részt vehet a mintagyűjtésben. A kapcsolódó kutatás részeként a biológiai mintából RNS-t, DNS-t és fehérjét izolálálunk, amit a későbbi genomikai, transzkriptomikai és proteomikai vizsgálatokban használunk fel.
Téma jellege: betegkapcsolat, labormunka
Kapcsolat: varga.agnes1@med.semmelweis-univ.hu
Téma címe: Kemoterápiás szerekkel szembeni rezisztenciamarkerek vizsgálata emlőrákos sejtvonalakon
Témavezető: Dr. Munkácsy Gyöngyi, Kovács Szonja Anna
Leírás: A rosszindulatú daganatok kezeléséhez használt terápiás szerekkel szembeni rezisztencia markerei bioinformatikai adatbázisokból kinyerhetők. A kiválasztott markereket sejtkultúrás modellen igazoljuk, miközben a hallgató elsajátítja az alapkutatásokhoz nélkülözhetetlen laboratóriumi módszereket.
Téma jellege: labormunka
Kapcsolat: munkacsy.gyongyi@med.semmelweis-univ.hu; kovacs.szonja@phd.semmelweis.hu
Téma címe: Klinikai kimenet és diagnózis modellezése sokdimenziós adatokon
Témavezető: Dr. Menyhárt Otília
Leírás: A klinikai vizsgálatok során gyűjtött hatalmas adatmennyiségből a megfelelő eszközökkel diagnózist valamint előrejelzést elősegítő információ nyerhető ki. A TDK munka keretében a gépi tanulás eszközeivel a klinikai kimenet előrejelzésére alkalmas prediktív modellek kidolgozására fókuszálunk sokdimenziós adatokból kiindulva. Előny a bioinformatikai érdeklődés, R vagy Galaxy ismerete.
Téma jellege: bioinformatika
Kapcsolat: menyhart.otilia@med.semmelweis-univ.hu