Az egyetem munkatársai által beadott védőoltások száma - 2022. január 28.
514484 Összes oltás

A Bioinformatika Tanszéken meghírdetett PhD témák

Multi-omikai vizsgálatok onkológiában

Egy adott minta esetén az omikai adatok különböző szintje érhető el, mint a genomikai, transzkriptomikai, proteomikai, metabolomikai, stb. adatok. A tudományos kutatásokban ezen szinteket tipikusan egymástól függetlenül vizsgálják, pld egy fehérje alapú biomarkert néznek egy adott betegségben. A kórlefolyást jobban meg lehetne érteni, illetve hatékonyabb terápiát lehetne kidolgozni, ha az adatok több szintjét tudnánk egyszerre elemezni. Az egyes szintek egymást befolyásolhatják, valamint visszacsatolásos mechanizmusok is működhetnek. A kutatás során az onkológia területén fogunk multi-omikai kutatásokat végezni.

 
A téma alapkutatás vagy bioinformatika iránt érdeklődő hallgatók számára optimális.
 
Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs


Mono- és multigénes onkológiai biomakerek

A rosszindulatú daganatos betegségek jobb gyógyításához három különböző típusú biomarker használata nyújthat segítséget. A diagnosztikai biomarkerek a betegség korai azonosítását teszik lehetővé vér-, vizelet-, vagy széklet-mintákból. A prognosztikus biomarkerek a betegség várható lefolyását jelzik előre, vagyis az adott kezelés esetén várható túlélést. A prediktív biomarkerek egy adott kezelés esetén a várható terápiás válasszal függenek össze, és megmutatják, hogy ki milyen kezelést kapjon. A kutatás során egy vagy több gént tartalmazó biomarker-jelöltek kifejlesztése, és klinikai mintákban történő kipróbálása a cél.

 
A téma elsősorban a klinikai kutatás, másodsorban a bioinformatika iránt érdeklődő hallgatók számára optimális.
 
Témavezető: Prof. Dr. Győrffy Balázs


NGS kiértékelés betegdiagnosztikához

 A következő generációs szekvenálás (NGS) lehetővé teszi az összes gén egyidejű vizsgálatát nukleinsav-szinten. Azonban a módszerek rendelkezésre állása nem jelenti azt, hogy egy NGS mérés után azonnal meg is tudjuk mondani a diagnózist. Jelenleg nincsenek elfogadott protokollok, amelyek az adatok rutinszerű kiértékelését lehető tennék. A kutatás során onkológiai (terápiás biomarkerek) és genetikai feladatokhoz (öröklődő betegségek, prenatális diagnosztika) fejlesztünk diagnosztikai alkalmazásokat. A kutatás tartalmazza az NGS adatok feldolgozását, kiértékelését, interpretálását, valamint új algoritmusok kipróbálását.

 
A téma elsősorban a bioinformatika, programozás, és klinikai kutatás iránt érdeklődő hallgatók számára optimális.
 

Diagnosztikai eszközök fejlesztése betegektől származó mérések adatainak felhasználásával

A különféle tesztek, klinikai vizsgálatok során hatalmas, akár több száz paramétert tartalmazó heterogén adathalmaz keletkezik minden páciensről, melyekből következtetni lehet a klinikai kimenetre és a betegek túlélésére. Ezen adatok értelmezése azonban méretükből kifolyólag nem rutinfeladat. A megfelelő bioinformatikai eszközök azonban lehetővé teszik ezen adatok diagnosztikai illetve prognosztikai célú kiaknázását. A kutatás során elsősorban az onkológia területén végzünk mesterséges intelligencia alapú vizsgálatokat betegekből származó mérések adatira támaszkodva.

A téma elsősorban a bioinformatika és a klinikai kutatás iránt érdeklődő hallgatók számára lehet érdekes. 

Témavezető: Dr. Menyhart Otília