Az egyetem munkatársai által beadott védőoltások száma - 2022. május 24.
531138 Összes oltás
A Semmelweis Egyetem Bioinformatika Tanszéke tanulmányi versenyt hirdet egy bioinformatikai probléma megoldására.

A feladat célja rosszindulatú tumoros sejtvonalak kemorezisztenciájában szerepet játszó génexpressziós mintázat azonosítása. A feladathoz tartozó adathalmaz publikus adatportálokról származó tumoros sejtvonalak génexpressziós adatait, az adott sejtvonalhoz tartozó kezelési adatokat és azok kimenetelét (terápia rezisztens / terápia szenzitív) tartalmazza. Az elemzés során szabadon választott terápiás szer(ek) elleni rezisztenciában szerepet játszó gének, géncsoportok meghatározása szükséges, amelyhez  felügyelt / nem-felügyelt tanulási módszerek alkalmazása jöhet szóba.

Bioinformatika tanulmányi verseny 2022

Az alkalmazott megoldás, illetve eszközök lehetnek:

  • tetszőleges statisztikai módszer vagy mesterséges intelligencia algoritmus
  • MS Excel /SPSS
  • Galaxy platform
  • R statisztikai programcsomagok
  • Python

Megjegyzések a feladat megoldásához:

  • A feladathoz szükséges a normalizált génexpressziós adatbázist regisztráció után kapja meg a pályázó.
  • Az adatbázis közel 1000 terápiás szer adatait tartalmazza, ezért az elemzést a vizsgált terápiás szerek egy szűkebb alcsoportján, vagy egy konkrét terápiás szeren kell elkészíteni (például: MEK gátlók, taxánok, stb). 

Jelentkezés:

A jelentkezés e-mailben történik név és NEPTUN-kód elküldésével a bioinformatika@med.semmelweis-univ.hu címre. A jelentkezők a bemeneti adatokat e-mailben kapják meg.

Jelentkezési határidő: 2022. 02. 28.

Értékelés:
A megoldásokat egy független adathalmazon teszteljük, a külső validáció során legpontosabbnak bizonyuló munka nyer.

A beadott munkának tartalmaznia kell:

  • a megoldás forráskódja vagy algoritmusa
  • szöveges dokumentáció (maximum három A4-es oldal)

Beadási határidő: 2022.04.30.

Kapcsolat: Dr. Fekete János Tibor

e-mail: fekete.janos@med.semmelweis-univ.hu 

tel.: +36 20 770 0513

Eredményhirdetés: 2022. május 15.

Díjak:

  1. hely: nemzetközi bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
  2. hely: hazai bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
  • Az első helyezett nemzetközi (Európai Unió), a második helyezett hazai bioinformatikai kurzust az Elixir Europe illetve Elixir Magyarország honlapjáról választhat:
  • A választott kurzus időtartama maximum 6 nap lehet. 
  • A nyeremény fedezi a regisztrációs díjat, valamint személyes részvétel esetén az utazás és a szállás költségét. (A választott szálloda maximum háromcsillagos.)
  1. Az 1-3. helyezettek a Klinikai Bioinformatika tárgy felvétele esetén megajánlott jeles gyakorlati jegyet kapnak.

Minden versenyzőnek sikeres munkát kívánunk!

Prof. Dr. Győrffy Balázs és Dr. Fekete János Tibor