A feladat célja rosszindulatú tumoros sejtvonalak kemorezisztenciájában szerepet játszó génexpressziós mintázat azonosítása. A feladathoz tartozó adathalmaz publikus adatportálokról származó tumoros sejtvonalak génexpressziós adatait, az adott sejtvonalhoz tartozó kezelési adatokat és azok kimenetelét (terápia rezisztens / terápia szenzitív) tartalmazza. Az elemzés során szabadon választott terápiás szer(ek) elleni rezisztenciában szerepet játszó gének, géncsoportok meghatározása szükséges, amelyhez felügyelt / nem-felügyelt tanulási módszerek alkalmazása jöhet szóba.
Az alkalmazott megoldás, illetve eszközök lehetnek:
- tetszőleges statisztikai módszer vagy mesterséges intelligencia algoritmus
- MS Excel /SPSS
- Galaxy platform
- R statisztikai programcsomagok
- Python
Megjegyzések a feladat megoldásához:
- A feladathoz szükséges a normalizált génexpressziós adatbázist regisztráció után kapja meg a pályázó.
- Az adatbázis közel 1000 terápiás szer adatait tartalmazza, ezért az elemzést a vizsgált terápiás szerek egy szűkebb alcsoportján, vagy egy konkrét terápiás szeren kell elkészíteni (például: MEK gátlók, taxánok, stb).
Jelentkezés:
A jelentkezés e-mailben történik név és NEPTUN-kód elküldésével a bioinformatika@med.semmelweis-univ.hu címre. A jelentkezők a bemeneti adatokat e-mailben kapják meg.
Jelentkezési határidő: 2022. 02. 28.
Értékelés:
A megoldásokat egy független adathalmazon teszteljük, a külső validáció során legpontosabbnak bizonyuló munka nyer.
A beadott munkának tartalmaznia kell:
- a megoldás forráskódja vagy algoritmusa
- szöveges dokumentáció (maximum három A4-es oldal)
Beadási határidő: 2022.04.30.
Kapcsolat: Dr. Fekete János Tibor
e-mail: fekete.janos@med.semmelweis-univ.hu
tel.: +36 20 770 0513
Eredményhirdetés: 2022. május 15.
Díjak:
- hely: nemzetközi bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
- hely: hazai bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
- Az első helyezett nemzetközi (Európai Unió), a második helyezett hazai bioinformatikai kurzust az Elixir Europe illetve Elixir Magyarország honlapjáról választhat:
- A választott kurzus időtartama maximum 6 nap lehet.
- A nyeremény fedezi a regisztrációs díjat, valamint személyes részvétel esetén az utazás és a szállás költségét. (A választott szálloda maximum háromcsillagos.)
- Az 1-3. helyezettek a Klinikai Bioinformatika tárgy felvétele esetén megajánlott jeles gyakorlati jegyet kapnak.
Minden versenyzőnek sikeres munkát kívánunk!
Prof. Dr. Győrffy Balázs és Dr. Fekete János Tibor