Semmelweis Egyetem célja a Bioinformatika tanszék létrehozásával, hogy országos szinten vezető szerephez jusson az orvostudománnyal összefüggő, a bioinformatikához kapcsolódó oktatás, kutatás és szolgáltatások területén.
A tanszék elsődleges feladata az oktatásba azokat a hiányterületeket bevonni, amelyek jelenleg nem szerepelnek az orvosképzés folyamatában, miközben ma már egy gyakorló orvos is napi szinten találkozik velük. Ide tartozik az orvosi bioinformatika (adatbázisok, osztályozás és klinikai döntéstámogató rendszerek, genomika, transzkriptomika, proteomika, a meta-analízis), az orvosi informatika (beteginformációs rendszerek, az öndiagnosztika, adatbiztonság, és a mindennapos orvosi informatikai programok), valamint a mesterséges intelligencia.
Az oktatás a graduális képzés alatt az általános orvos által is használt adatokra vonatkozik, amelyek során elsődleges teendő a klinikai alkalmazásra is kerülő módszerek megismertetése. Ennek keretében az elméleti képzés fő célja a bioinformatikai eszközök bemutatása, az ezekkel készült elemzések szellemi hátterének valamint a módszerek korlátjainak megismertetése a hallgatókkal. A gyakorlati oktatás során azt kívánjuk elérni, hogy a hallgatók az alapvető módszereket önállóan is elsajátítsák, és képesek legyenek egy saját elemzés elvégzésére.
A tanszék kiemelt célja, hogy a bioinformatikai kutatások területén vezető szerephez jusson a rendszerbiológia, a transzkriptomika, a szekvencia-elemzések, és a populáció-genetika. Az ezekhez kapcsolódó adatbázisok és elemző rendszerek fejlesztése és fenntartása a kutatások egy olyan csoportját tartalmazza, amelyek az egyetemen eddig csak elszórva jelentek meg egy-egy intézményben.
A tanszék emellett az egyetem egész számára „bioinformatikai core facility”-ként jelenik meg. A képzett szakértelem összpontosításával a genomika diagnosztikai és prevenciós alkalmazását biztosítja. A biostatisztikai elemzések és a minőségkontroll lehetővé teszik, hogy a betegek kezelése során közvetlenül is felhasználhatóak legyenek a generált adatok. Ennek megvalósításához szükséges az egyes területek közötti kapcsolat kiépítése (interoperability), valamint a nemzeti standardok megfogalmazása és egy információs központ létrehozása. A szolgáltató és technológiai központként való megjelentés technikai részben szinten teljesült eddig is, amit az USA National Institute of Health által 506533-as számon akkreditált genetikai laborunk fémjelez.
Végezetül meg kell említeni, hogy a bioinformatikai hálózatosodás a tanszék feladatai között szintén megjelenik. Ide egyrészt a nemzetközi kutatási és oktatási együttműködések tartoznak, de megjelenik az egyetem nemzetközi szervezetekben történő képviselete is (pld ELIXIR). A tanszéken nemzetközi kollaborációkban bioinformatikai és biostatisztikai kiértékeléseket végzünk kb. 40 külföldi egyetem és intézet kutatócsoportjai számára.