Az egyetem munkatársai által beadott védőoltások száma - 2021. március 03.
65174 Összes oltás
10789 Beoltott Semmelweis Polgár

A Semmelweis Egyetem Bioinformatika Tanszéke tanulmányi versenyt hirdet emlőtumoros betegek bioinformatikai osztályozására. A cél a klinikai adatok alapján kiválasztani a kemoterápiára és/vagy hormonterápiára reagáló betegeket.

A feladathoz mellékelt adathalmaz publikus adatportálokról származó emlőrák eseteket tartalmaz. Elemezze az adatokat, és azonosítsa a klinikai jellemzők tetszőleges kombinációit, melyek összefüggésbe hozhatók az egyes terápiák hatásosságával, a várható túlélés alakulásával! A felismert összefüggések alapján csoportosítsa az eseteket az adjuváns kemoterápia és/vagy endokrin terápia várható hasznában mutatkozó szignifikáns különbségek szerint! Munkáját dokumentálja: röviden mutassa be az alkalmazott módszereket, indokolja a módszer választását, ellenőrizze feltételeinek teljesülését!  Elemezze a módszer hatásosságát!

Az alkalmazott megoldás, illetve eszközök lehetnek:

  • tetszőleges statisztikai módszer vagy mesterséges intelligencia algoritmus
  • MS Excel
  • Galaxy platform
  • R statisztikai programcsomagok

Megjegyzések a feladat megoldásához:

  • A megoldás algoritmusának bemenete: Klinikai adatok (tetszőlegesen kiválasztható a rendelkezésre álló adatokból).
  • A megoldás algoritmusának kimenete: Az esetek egy osztályozása.  A megoldásnak emellett tartalmaznia kell az azonosított osztályokban várható terápiás hatást egy vagy több tetszőlegesen választott végpontban.
  • Nem kötelező minden esetet osztályozni, a kizárás kritériumait és indokát pontosan dokumentálni kell.
  • Az alkalmazás az adathalmaz különböző alcsoportjaira eltérő algoritmusokat is használhat.
  • A dokumentáció célja, hogy az értékelő számára az alkalmazás teljesen reprodukálható legyen. A külső validáció során független adathalmazon a beadott munkával megegyező lépéseket hajtjuk végre.

Jelentkezés:

A jelentkezés e-mailben történik név és NEPTUN-kód elküldésével a bioinformatika@med.semmelweis-univ.hu címre. A jelentkezők a bemeneti adatokat e-mailben kapják meg.

Jelentkezési határidő: 2021. 03. 31.

Értékelés:
A megoldásokat egy független adathalmazon teszteljük, a külső validáció során legpontosabbnak bizonyuló munka nyer.

A beadott munkának tartalmaznia kell:

  • a megoldás forráskódja vagy algoritmusa
  • dokumentáció (maximum négy A4-es oldal)

Beadási határidő: 2021.04.30.

Kapcsolat: dr. Vas Nikoletta

e-mail: vas.nikoletta@med.semmelweis-univ.hu

tel.: +36 20 670 1084

Díjak:

  1. hely: nemzetközi bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
  2. hely: hazai bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
  • Az első helyezett nemzetközi (Európai Unió), a második helyezett hazai bioinformatikai kurzust az Elixir Europe illetve Elixir Magyarország honlapjáról választhat:
  • A választott kurzus időtartama maximum 6 nap lehet. (Választható időszak: 2021. 09. 01 – 2021. 12. 31.)
  • A nyeremény fedezi a regisztrációs díjat, valamint személyes részvétel esetén az utazás és a szállás költségét. (A választott szálloda maximum háromcsillagos.)
  1. A bioinformatika tárgyat jelen félévben vagy későbbi félévben felvevő hallgatók közül induló versenyzők megajánlott jeles gyakorlati jegyet kapnak, amennyiben a betegek legalább a 60%-át tudják csoportosítani a kemoterápia (endokrin terápia) várható haszna szerint úgy, hogy a kezelés hatására a túlélésben mutatkozó eltérés reprodukálható a teszt csoportban.

Minden versenyzőnek sikeres munkát kívánunk!

Dr. Vas Nikoletta és Dr. Győrffy Balázs