Magyarországon az orvosképzés a középkorra nyúlik vissza, iskolát teremteni azonban nem sikerült egészen a gróf Esterházy Károly egri püspök által támogatott Schola Medicinalis létrejöttéig. A Pázmány Péter esztergomi érsek által 1635-ben alapított egyetemen Mária Terézia rendelete alapján létrejött a Nagyszombati Egyetem Orvoskara 1769. november 7-én. Az Egyetem 1777-ben Budára költözött, majd 1780. március 25-én Mária Terézia kiadta a Diploma Inauguralét, az Egyetem „Magna Chartáját”. II. József 1784-ben Pestre, a jezsuita rendházba költöztette az Universitast. A középkor orvosa nem foglalatoskodott sebészettel, akkoriban vándorsebészek, borbélymesterek gyógyítottak késsel, így a kőmetszéseket, kőtöréseket, a húgyhólyag csapolását is többnyire ők végezték. 1527-ből származik az első urológiai tárgyú írásos emlékünk Lencsés György „Ars Medica” c. művéből. Borbély István és Rácz Sámuel sebészkönyveiben olvashatunk a kor urológiai beavatkozásairól.
Az asepsis-antisepsis és az érzéstelenítés, altatás felfedezését követően a sebészet orvosi disciplinává válhatott, és addig nem látott fejlődés indulhatott meg. A magyar sebészeti iskola megteremtőjének Balassa Jánost (1818-1868), Semmelweis kortársát tekintjük, akit 29 évesen a pesti sebészeti klinika igazgató professzorának neveztek ki. 1857-ben az akkor induló Orvosi Hetilap első számában közölte tapasztalatait a hólyagmetszés és kőzúzás terén. Foglalkozott a kövek keletkezésével, a vesicovaginalis fistula (hólyag-hüvely sipoly) műtéti megoldásával és a húgycsőszűkülettel is, megcáfolva a kor dogmáját a szűkület „görcsös” eredetét illetően.
Utódja Kovács József, a Szent Rókus Kórházban működő sebészeti klinika vezetője volt, aki majd hétszáz urológiai műtétet végzett. A cystoscop feltalálását követően az urológia jelentős fejlődésnek indul, majd levált a sebészetről, és önálló szakággá vált.
Kovács tanítványa Antal Géza (1846-1889) tekinthető az első magyar urológusnak, akit 1883-ban az urológiai sebészet egyetemi tanárának és a Szt. Rókus Kórházban létrehozott első önálló magyarországi urológiai osztály vezetőjének neveztek ki. Az Orvosi Hetilap főszerkesztője és a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagja volt. Saját fejlesztésű aero-urethroscopot (levegő-húgycsőtükröt) szerkesztett. 1888-ban adta ki urológiai tankönyvét. Fiatalon, pályája csúcsán érte a halál.
Az urológiai osztály vezetését Farkas László (1847-1913) vette át. Emlékét a nevét viselő Farkas-fecskendő őrzi. Emellett számos új eljárást dolgozott ki. Az első nephrectomiát (veseeltávolítást) Réczey Imre (1848-1935) végezte Magyarországon. A nőgyógyász Tauffer Vilmos (1851-1935) nevéhez fűződik a sérült ureter újraegyesítése mellett az első transperitonealis (=hashártyán keresztüli) nephrectomia (=veseeltávolítás) is. A kor kiemelkedő orvosa Korányi Sándor (1866-1944) a vese élettani vizsgálataival és a kryoscopos vizeletvizsgálattal járult hozzá a magyar és nemzetközi urológia fejlődéséhez.
Az önálló magyar urológia megteremtője Illyés Géza (1870- 1951). Dollinger Gyula tanítványaként dolgozott a sebészeti klinikán, majd az urológiát választotta. Az ureterbe vezetett ezüstsodronnyal mutatta be röntgenfelvételen a vesevezetékek lefutását, majd elsőként a világon létrehozta a pyelographia elméleti alapjait. Tudományos tevékenysége elismeréseképpen 1904-ben magántanári kinevezést nyert, majd 1913-ban a Szent Rókus Kórház urológiai osztályának vezetésével bízták meg. 1920-ban – a világon elsőként – osztályát a Budapesti Királyi Magyar Pázmány Péter Tudományegyetem Orvosi Karának Urológiai Klinikájává nevezték ki.
1924-ben az ő kezdeményezésére vezették be az urológiai szakvizsgát. Az 1925-ben alakult Magyar Urológus Társaság első elnökévé választották. 1930-ban jelent meg Urológia című tankönyve, melyet angolul is kiadtak. 1936-ban mai helyére, új épületbe költözött a Szent Rókus Kórházból a Klinika. Ettől a tanévtől az urológia fakultatív tantárggyá vált 35 hallgatóval, heti két órában. Illyés Gézát a Magyar Tudományos Akadémia, levelező, később rendes tagjává, majd 1949-ben az MTA Orvosi Tagozatának elnökévé választották. A világ valamennyi tájáról érkeztek az urológiát tanulni vágyók a kor elismert egyéniségéhez, amit a mai napig megőrzött vendégkönyv is bizonyít. A Klinikát 1943-tól 1945-ig Minder Gyula (1895-1982) vezette, aki 1938-ban megalapítja a Magyar Urológia című folyóiratot. Illyés professzor első tanársegédje, Babics Antal (1902-1992) a második világháború után 1946-tól 1974-ig vezette az Urológiai Klinikát. Tudományos és gyógyító tevékenysége mellett az egyetem dékánja, országgyűlési képviselő és 1956-ban Nagy Imre kormányának egészségügyi minisztere is volt. 1950-ben az MTA rendes tagjává választották. 1948-tól kötelező tárggyá vált az urológia, Babics tankönyvét több generáció forgatta.
A Klinikai további igazgató professzorai: Balogh Ferenc 1974-1986; Frang Dezső 1986-1997; Romics Imre 1997-2012.
Jelenleg Dr. Nyirády Péter az Urológiai Klinika igazgatója.
A Klinika 2022-ben ünnepelte alapításának 100. évfordulóját, melynek alkalmából az aulában az urológia védőszentjét, Szent Liboriust ábrázoló szobrot avattak fel.