Since its foundation, the University has gone through numerous name changes, sometimes for political reasons, while other times due to restructuring. A list of these is provided below:
As the Medical Faculty
| 1769-1777 | University of Nagyszombat | Nagyszombati Egyetem |
| 1777-1784 | Royal University of Buda | Budai Királyi Egyetem |
| 1784-1848 | Royal University of Hungary | Magyar Királyi Egyetem |
| 1848-1849 | University of Hungary | Magyar Egyetem |
| 1849-1861 | Imperial and Royal University of Pest | Császári és Királyi Pesti Egyetem |
| 1861-1873 | Hungarian Royal University of Science | Magyar Királyi Tudományegyetem |
| 1873-1918 | Royal Hungarian University of Science in Budapest | Budapesti Királyi Magyar Tudományegyetem |
| 1918-1919 | Hungarian University of Science in Budapest | Budapesti Magyar Tudományegyetem |
| 1919-1921 | Royal Hungarian University of Science in Budapest | Budapesti Királyi Magyar Tudományegyetem |
| 1921-1945 | Royal Hungarian Pázmány Péter University of Science in Budapest | Budapesti Királyi Magyar Pázmány Péter Tudományegyetem |
| 1945-1950 | Pázmány Péter University of Science | Pázmány Péter Tudományegyetem |
| 1950-1951 | Eötvös Loránd University of Science | Eötvös Loránd Tudományegyetem (ELTE) |
As an independent university
| 1951-1969 | Medical University of Budapest | Budapesti Orvostudományi Egyetem (BOTE) |
| 1969-2000 | Semmelweis University of Medicine | Semmelweis Orvostudományi Egyetem (SOTE) |
| 2000- | Semmelweis University | Semmelweis Egyetem (SE) |