Tanszékünk kutatójának, Prof. Dr. Győrffy Balázsnak közreműködésével a Nature Communications folyóiratban megjelent tanulmány bemutatja, hogyan integrálhatók szintetikus sejtek természetes daganatsejtekkel úgy, hogy azok önszerveződő 3D tumoroidokat alkossanak, amelyek mesterséges, de kontrollálható mikro környezetet teremtenek a rákbiológiai vizsgálatokhoz. A munkában a kísérleti és számításos bioinformatikai eszközök kulcsszerepet játszottak abban, hogy feltérképezzük a szintetikus és természetes sejtek közti interakciók mögött álló biológiai jeleket és mechanizmusokat, különösen az adhéziós profilok és a jelátviteli hálózatok összefüggéseit. A bioinformatikai elemzések nélkülözhetetlenül segítették elő az adatok strukturált értelmezését és a mikrokörnyezet jellemzőinek rendszer szintű megértését.
A kutatás során különféle szintetikus sejttípusokat teszteltünk a tumoroidokba való beépülési képességük alapján, és azt találtuk, hogy az adhéziós jellegzetességek – mind a sejten belüli, mind a sejtek közötti kapcsolódási mintázatok – döntő tényezők ebben a folyamatban. A bioinformatikai elemzés révén sikerült meghatároznunk, mely molekuláris jelutak és génexpressziós mintázatok kapcsolódnak a szintetikus sejtek integrációjához és stabil megmaradásához a 3D kultúrákban, ami új lehetőségeket nyit a tumorkörnyezet modellezésében.
Végül alkalmaztuk az úgynevezett ART-TIME megközelítést, amellyel mesterséges tumor-immun mikro környezeteket hoztunk létre, és ezeket a rendszereket bioinformatikával támogatott transzkriptomikai adatelemzéssel vizsgáltuk. Ezzel feltártuk az immunreceptorok közötti ko-szignálási mechanizmusokat, amelyek szerepet játszhatnak például a hasnyálmirigyrák immunelkerülésében, és bemutattuk, hogy az ilyen komplex interakciók feltérképezése bioinformatikai alapokon nyugvó hálózatelemzéssel valósítható meg a leghatékonyabban.
CIKK Innen tölthető le: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12698700/
