A Semmelweis Egyetem Bioinformatika Tanszéke tanulmányi versenyt hirdet emlőtumoros betegek bioinformatikai osztályozására. A cél a klinikai adatok alapján kiválasztani a kemoterápiára és/vagy hormonterápiára reagáló betegeket.
A feladathoz mellékelt adathalmaz publikus adatportálokról származó emlőrák eseteket tartalmaz. Elemezze az adatokat, és azonosítsa a klinikai jellemzők tetszőleges kombinációit, melyek összefüggésbe hozhatók az egyes terápiák hatásosságával, a várható túlélés alakulásával! A felismert összefüggések alapján csoportosítsa az eseteket az adjuváns kemoterápia és/vagy endokrin terápia várható hasznában mutatkozó szignifikáns különbségek szerint! Munkáját dokumentálja: röviden mutassa be az alkalmazott módszereket, indokolja a módszer választását, ellenőrizze feltételeinek teljesülését! Elemezze a módszer hatásosságát!
Az alkalmazott megoldás, illetve eszközök lehetnek:
- tetszőleges statisztikai módszer vagy mesterséges intelligencia algoritmus
- MS Excel
- Galaxy platform
- R statisztikai programcsomagok
Megjegyzések a feladat megoldásához:
- A megoldás algoritmusának bemenete: Klinikai adatok (tetszőlegesen kiválasztható a rendelkezésre álló adatokból).
- A megoldás algoritmusának kimenete: Az esetek egy osztályozása. A megoldásnak emellett tartalmaznia kell az azonosított osztályokban várható terápiás hatást egy vagy több tetszőlegesen választott végpontban.
- Nem kötelező minden esetet osztályozni, a kizárás kritériumait és indokát pontosan dokumentálni kell.
- Az alkalmazás az adathalmaz különböző alcsoportjaira eltérő algoritmusokat is használhat.
- A dokumentáció célja, hogy az értékelő számára az alkalmazás teljesen reprodukálható legyen. A külső validáció során független adathalmazon a beadott munkával megegyező lépéseket hajtjuk végre.
Jelentkezés:
A jelentkezés e-mailben történik név és NEPTUN-kód elküldésével a bioinformatika@med.semmelweis-univ.hu címre. A jelentkezők a bemeneti adatokat e-mailben kapják meg.
Jelentkezési határidő: 2021. 03. 31.
Értékelés:
A megoldásokat egy független adathalmazon teszteljük, a külső validáció során legpontosabbnak bizonyuló munka nyer.
A beadott munkának tartalmaznia kell:
- a megoldás forráskódja vagy algoritmusa
- dokumentáció (maximum négy A4-es oldal)
Beadási határidő: 2021.04.30.
Kapcsolat: dr. Vas Nikoletta
e-mail: vas.nikoletta@med.semmelweis-univ.hu
tel.: +36 20 670 1084
Díjak:
- hely: nemzetközi bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
- hely: hazai bioinformatikai továbbképzésen vagy konferencián való részvétel.
- Az első helyezett nemzetközi (Európai Unió), a második helyezett hazai bioinformatikai kurzust az Elixir Europe illetve Elixir Magyarország honlapjáról választhat:
- A választott kurzus időtartama maximum 6 nap lehet. (Választható időszak: 2021. 09. 01 – 2021. 12. 31.)
- A nyeremény fedezi a regisztrációs díjat, valamint személyes részvétel esetén az utazás és a szállás költségét. (A választott szálloda maximum háromcsillagos.)
- A bioinformatika tárgyat jelen félévben vagy későbbi félévben felvevő hallgatók közül induló versenyzők megajánlott jeles gyakorlati jegyet kapnak, amennyiben a betegek legalább a 60%-át tudják csoportosítani a kemoterápia (endokrin terápia) várható haszna szerint úgy, hogy a kezelés hatására a túlélésben mutatkozó eltérés reprodukálható a teszt csoportban.
Minden versenyzőnek sikeres munkát kívánunk!
Dr. Vas Nikoletta és Dr. Győrffy Balázs