A kórházban elhunytak kórboncolása törvényi kötelezettségünk, egyben rendkívül fontos diagnosztikus tevékenység, hiszen ez az utolsó lehetőség arra, hogy az esetleges tisztázatlan orvosi kérdésekre választ találjunk. Intézetünkben évente mintegy 1300 kórboncolás történik. Az esetek jelentős részében a klinikai észlelések és a kórbonctani diagnózisok megegyeznek, azonban időnként a kórházi kezelések alatt fel nem tárt elváltozásokat találunk. Az okok többfélék lehetnek, sokszor sajnos a kórházi bennfekvés rövidsége nem ad lehetőséget a klinikus kollégáknak arra, hogy a megfelelő diagnózist fel tudják állítani. Máskor félrevezető tünetek, tünetmentes betegségek esetén tár fel a kórboncolás addig fel nem ismert eltéréseket. A klinikusok számára kérdéses, nem egyértelmű esetekben a kórboncoláson való részvételükkel a patológussal közösen kerül tisztázásra a betegség lefolyása.

 
Kiemelt szerepet tölt be a perinatális kórboncolás, melyhez modern, különálló perinatális boncasztal és eszközök nyújtják a technikai hátteret. Az I. sz. Gyermekklinika és a Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika Perinatális Intenzív Centrumában dolgozó klinikus kollégák csaknem minden esetben részt vesznek a kórboncoláson, mely nagyban segíti a klinikopatológiai összefüggések felismerését.

A Gottsegen György Országos Kardiovaszkuláris Intézettel együttműködve vizsgáljuk a komplex szívsebészeti ellátás ellenére elhunyt betegeket. Az erre szakosodott munkatársaink igen aprólékos munkával tárják fel a műtéti szituációt, hogy bármilyen nem várt szövődményt felismerjenek. 
A COVID-19 pandémia alatt sajnálatos módon nagy számban van szükség a vírusfertőzés következtében elhunyt betegek kórboncolására. Elkülönített, fertőző bonctermünkben biztonságosan, a megfertőződés veszélye nélkül tudjuk ezt a munkát elvégezni. 

Az Általános Orvosi Kar első évfolyamfeles harmadéves hallgatóinak minden héten bonctermi gyakorlatot tartunk, melynek során nagy hangsúlyt fektetünk a klinikai adatok és a patológiai észleletek integrációjára. 

A Japán Patológus Társasággal együttműködve nyaranta rendszeresen szervezünk egy hetes intenzív kórboncolási kurzust japán szakorvosjelölteknek, melynek során a rezidensek elsajátíthatják a boncolási technika mellett a jegyzőkönyvírás alapjait és megismerkedhetnek a klinikopatológiai szemlélettel.