A modern mikrobiológiai diagnosztika kutatások felismerték, hogy patogén gombák többsége örökítőanyagukban megtalálható ún. barcode régiók alapján gyorsan és egyértelműen meghatározható. Ezért a DNS alapú identifikáció immár a nemzetközi ajánlások részét is képezi. A fentieken túl a módszer előnye, hogy olyan mintákból (pl. műtét kapcsán eltávolított szövet) is lehetővé teszi a gomba azonosítását, amelyekből tenyésztés nem készült, vagy sikertelen volt. A kórszövettani metszeteken észlelt gombaképletek mikroszkópos megjelenése utalhat a kórokozó rendszertani hovatartozására, a nemzetség vagy faj szintű meghatározás viszont ezen a módon bizonytalansággal terhelt. A kórokozó gombák eltérő mértékben érzékenyek a rendelkezése álló gombaellenes vegyületekre, ezért a szövettani blokkokból elvégzett molekuláris gombavizsgálat lépést jelenthet a súlyos mikózisban szenvedő páciensek terápiájának pontos megválasztásában.
Intézetünkben real-time PCR és DNS-szekvenálás alapú molekuláris gombadiagnosztikai módszerek érhetők el:
- Vizsgálat biopsziás anyagból: a biopsziás anyagok Intézetünkben először kórszövettani vizsgálaton esnek át. Amennyiben a szövettani vizsgálat a szövetekben gombaelemeket azonosít, a szövettani blokkból molekuláris vizsgálat indítható a kórokozó gomba meghatározása céljából. Amennyiben a kórszövettani vizsgálat eredménye nem utal gomba infekcióra, molekuláris vizsgálat nem készül. A molekuláris vizsgálat célja tehát nem a gomba infekció megállapítása, hanem a kórokozó meghatározása. A szövettani blokkon végzett, gomba irányú molekuláris vizsgálatok kb. 75%-ában sikeres a nemzetség szintű meghatározás, míg az esetek kb. 50%-ában adható meg faj vagy fajkomplex szintű meghatározás. Bronchoalveolaris lavage-ból és liquorból is jelenleg kizárólag abban az esetben áll módunkban molekuláris identifikációt megkísérelni, amennyiben a mikroszkópos vizsgálat gombaelemeket mutat ki. Vérből és annak frakcióiból a vizsgálatot elvégezni jelenleg nem áll módunkban. A vizsgálat leletátfordulási ideje a pozitív kórszövettani eredménytől számítva 3-5 munkanap.
- Vizsgálat tenyészetből: a DNS alapú vizsgálat lehetővé teheti hagyományos mikrobiológiai módszerekkel és esetenként még MALDI-TOF vizsgálattal sem megkülönböztethető fajok meghatározását, így segítséget nyújthat a problematikusan meghatározható izolátumok esetén. A vizsgálatot elsősorban olyan atipikus klinikai gombaizolátumok esetén ajánljuk, melyek esetén kétely merül fel a meghatározás során, vagy lassú növekedésű tenyészet esetén kiemelten fontos a meghatározás idejének lerövidítése. A vizsgálat várható leletátfordulási ideje 3-5 munkanap. A vizsgálathoz DNS izolátumot, molekuláris biológiai céloknak megfelelő tisztaságú 70%-os etanolban vagy laboratóriumunk által biztosított pufferben fixált gombaelemeket fogadunk. A fixáláshoz kérésre protokollt és puffert bocsátunk rendelkezésre.
Információ: Zajta Erik (PhD), biológus,
e-mail: zajta.erik@semmelweis.hu
tel.: +36 1 459 1500/54406
LETÖLTHETŐ KÉRŐLAP: PDF FORMÁTUM