A Semmelweis Egyetem kutatási tevékenységének legnagyobb része az Általános Orvostudományi Karon koncentrálódik. Több száz oktató, végzett orvos és Phd-hallgató dolgozik aktívan az élettudományok igen széles területén. A tudományos tevékenység finanszírozásában részt vesznek hazai (Európai Unió és a European Research Council) egyaránt. Fiatal, pályájuk kezdetén álló kutatóink dékáni pályázat útján is nyerhetnek támogatást munkájukhoz.
Jelentős fejlődést értünk el az orvosi alaptudományokban, elsősorban a neurokémia, a bioenergetika, a sejt- és molekuláris biológia, az oxidatív stressz, a celluláris jelátvitel, az immunológia, a genetika és proteomika, valamint a kardiovaszkuláris fiziológia területein. A klinikai kutatások a kardiovaszkuláris, az endokrin, a metabolikus és a gyermekbetegségekre, a tumorfejlődésre, szervtranszplantációra, urológiai és reprodukciós zavarokra koncentrálnak.
Legaktívabb kutatócsoportjaink kutatási profiljait és publikációit összegzi az „Academic Excellence in Biomedical Research at the Semmelweis University” című kötet, amely az Egyetem honlapjáról letölthető (https://semmelweis.hu/english/research).