A Farmakognóziai Intézet (korábban Gyógynövény- és Drogismereti Intézet) az Egyetem és a Gyógyszerésztudományi Kar egyik legrégibb intézete. 1914-ben a Gyógyszertani Intézetből leválasztva mai helyén kezdte meg működését Gyógyszerismereti és Méregtani Intézet néven Vámossy Zoltán professzor vezetésével. Az intézet neve 2000-ben változott Farmakognóziai Intézetre, visszatérve a szakterület hagyományos megjelöléséhez és igazodva az Európában általánosan elfogadott elnevezéshez.
A farmakognózia és fitoterápia felöleli a gyógynövények, valamint a belőlük előállított drogok botanikai és kémiai ismeretét, a természetes vegyületek képződésének, felhalmozódási sajátságainak elemzését, a korszerű elválasztástechnikai és szerkezetkutatási módszerek növénykémiai alkalmazását, a fitokémiai analitikát és a gyógynövények hatásának ismeretét, különös tekintettel a gyógyszeripar kiemelt növényi nyersanyagaira és a fitoterápiában, valamint a prevencióban jelentős gyógynövényekre.
A Magyar és az Európai Gyógyszerkönyv rendszeres változásai nyomán a graduális képzés tananyagába beépülnek az újonnan hivatalossá váló növényi drogok és azok vizsgálatának módszerei. A tematika részét képezi a lakossági gyógyszerellátás és a klinikai gyógyszerészi pályafutás során is szükséges fitoterápiás tudás, illetve a gyógynövények helyes alkalmazásának készségét fejlesztő feladatok megoldása is. A megszerzett ismeretek birtokában a gyógyszerészhallgatók evidencia-alapú fitokémiai és fitoterápiás szakértelemmel felvértezve kezdhetik meg hivatásukat. A jelen időszakban ezek a kompetenciák elengedhetetlenek, hiszen a természetes anyagokkal, illetve gyógynövényekkel kapcsolatos ismeretanyag felértékelődött.
A gyógyszerészhallgatóknak a növényi gyógyszerek kiemelt szakértőivé való nevelésében jelentős szerepet tölt be a szakdolgozatok készítése. Intézetünkben évente hozzávetőlegesen 10-15 hallgató védi meg diplomadolgozatát, az Intézet hallgatói által elnyert rektori pályamunkák száma szintén jelentős. A gyógynövények vizsgálata és a természetes vegyületek kutatása iránt érdeklődő hallgatók (átlagosan évente 5–6) tudományos diákköri munkát végeznek és eredményesen vesznek részt TDK-konferenciákon. A Gyógyszertudományi Doktori Iskola keretein belül az Intézet oktatói 5-10 PhD-hallgató munkáját irányítják.
Az intézet feladata a Gyógynövény- és drogismeret, a Fitoterápia, valamint a Gyógyszerészi növénytan tárgyak elméleti és gyakorlati oktatása magyar, angol és német nyelven. Az intézet oktatja kötelezően választható tárgyként A folyadékkromatográfia és analitikai alkalmazásai, Étrend-kiegészítők, a Fitokémia és Gyógynövény biotechnológia tárgyakat. Szabadon választható tárgyként a Gyógynövények és a kozmetika kapcsolata, Mérgező növények, növényi mérgezések és az Általános és szervetlen kémiai alapszámítások tárgyak, valamint orvostanhallgatóknak a Fitoterápia oktatása történik az Intézetben. Az Egészségtudományi Kar mesterképzésén belül Természetes eredetű anyagok, gyógyszerek, gyógyhatású készítmények, gyógynövények tárgy elméleti és gyakorlati oktatása szintén az intézet feladata.
A posztgraduális képzésben (PhD-, szakgyógyszerész- és gyógyszerész-továbbképzés) a gyógynövényekkel, természetes eredetű gyógyszerekkel, étrend-kiegészítőkkel és biotechnológiával kapcsolatos területeken az Intézet szintén részt vesz.