Trusight Oncology 500TM – Komprehenzív Genomikai Profilozás
A vizsgálat leírása
A Trusight Oncology 500TM (TSO500) vizsgálat a daganatok kialakulásához vezető és kezelésre adott válaszának szempontjából legfontosabb 523 gén teljes kódoló szekvenciájának vizsgálatát végzi el. További 59 gén esetében vizsgálja a terápia szempontjából jelentős kópiaszám eltéréseket, valamint 55 gén esetében információt szolgáltat a génfúziókról és splice-variánsokról a vizsgálathoz tartozó RNS szekvenálás eredménye alapján (A vizsgált gének, kópiaszám eltérések és génfúziók teljes listája megtalálható: [beágyazott excel]). A TSO500 vizsgálat mindemellett meghatározza a mikroszatellita instabilitás (MSI), valamint a tumor mutációs terhelés (TMB) értékét is.
A vizsgálat lehetőséget biztosít a terápiás relevanciával rendelkező valamennyi genetikai eltérés egyidejű vizsgálatára valamennyi tumor esetében és eredménye alapján információ nyerhető az egyes biomarker alapú klinikai vizsgálatokból és off-label célzott terápiákból származó potenciális haszonról vagy várható rezisztenciáról is. A vizsgálat esetében a klinikailag releváns találatok aránya nagymértékben függ a daganat szövettani típusától és a korábbi kezelési vonalaktól, ezért a vizsgálat indikációjának felállítására valamennyi esetben a kezelőorvosnak kell javaslatot tennie, amit az Országos Molekuláris Tumor Board hagy jóvá.
Módszertan
A vizsgálat során a betegek formalinban fixált, paraffinba ágyazott (FFPE) vagy friss fagyasztott tumor mintájából történik DNS és RNS izolálás a Qiagen FFPE Tissue Kit (Qiagen, Németország), valamint a High Pure FFPET RNA Kit (Roche, Svájc) segítségével. A minták minőségének ellenőrzését követően ultrahangos fragmentálást végzünk a Covaris M220 készüléken, majd a szekvenáláshoz a mintákat a gyártó leírása szerint készítjük elő célrégiókhoz kötődő hibridizációs próbákon alapuló technikával. Minőségellenőrzést követően a mintákat a NextSeq2000 (Illumina, USA) új-generációs platformon szekvenáljuk meg. A nyers szekvenálási adatokból a TSO-500 LocalApp elnevezésű szoftvercsomag használatával végezzük el a variáns hívást, továbbá kópiaszám, fúzió, illetve splice variáns detektálást, majd a talált genetikai eltérések klinikai jelentőségét a Qiagen Clinical Insight (Qiagen, Németország), valamint a PierianDx Comprehensive Genomic Workspace (PierianDx, USA) terápiás döntéshozatalt támogató, manuálisan kurált adatbázisokon alapuló döntéstámogató szoftverek segítségével határozzuk meg.
A vizsgálat átlagos időtartama a minta beérkezésétől a lelet kiadásáig: 4 hét.
A vizsgálat állásával kapcsolatban kizárólag a kezelőorvos részére a TSO500@med.semmelweis-univ.hu e-mail címre küldött kérdésekre válaszolva nyújtunk tájékoztatást.
Vizsgálatkéréssel kapcsolatos segédlet (link)