A Farmakognóziai Intézet (korábban Gyógynövény- és Drogismereti Intézet) az Egyetem és a Gyógyszerésztudományi Kar egyik legrégibb intézete. 1914-ben a Gyógyszertani Intézetből leválasztva mai helyén kezdte meg működését Gyógyszerismereti és Méregtani Intézet néven Vámossy Zoltán professzor vezetésével. Az intézet neve 2000-ben változott Farmakognóziai Intézetre, visszatérve a szakterület hagyományos megjelöléséhez és igazodva az Európában általánosan elfogadott elnevezéshez.
A farmakognózia és fitoterápia felöleli a gyógynövények, valamint a belőlük előállított drogok botanikai és kémiai ismeretét, a természetes vegyületek képződésének, felhalmozódási sajátságainak elemzését, a korszerű elválasztástechnikai és szerkezetkutatási módszerek növénykémiai alkalmazását, a fitokémiai analitikát és a gyógynövények hatásának ismeretét, különös tekintettel a gyógyszeripar kiemelt növényi nyersanyagaira és a fitoterápiában, valamint a prevencióban jelentős gyógynövényekre.
A Magyar és az Európai Gyógyszerkönyv rendszeres változásai nyomán a graduális képzés tananyagába beépülnek az újonnan hivatalossá váló növényi drogok és azok vizsgálatának módszerei. A tematika részét képezi a lakossági gyógyszerellátás és a klinikai gyógyszerészi pályafutás során is szükséges fitoterápiás tudás, illetve a gyógynövények helyes alkalmazásának készségét fejlesztő feladatok megoldása is. A megszerzett ismeretek birtokában a gyógyszerészhallgatók evidencia-alapú fitokémiai és fitoterápiás szakértelemmel felvértezve kezdhetik meg hivatásukat. A jelen időszakban ezek a kompetenciák elengedhetetlenek, hiszen a természetes anyagokkal, illetve gyógynövényekkel kapcsolatos ismeretanyag felértékelődött.
A gyógyszerészhallgatóknak a növényi gyógyszerek kiemelt szakértőivé való nevelésében jelentős szerepet tölt be a szakdolgozatok készítése. Intézetünkben évente hozzávetőlegesen 10-15 hallgató védi meg diplomadolgozatát, az Intézet hallgatói által elnyert rektori pályamunkák száma szintén jelentős. A gyógynövények vizsgálata és a természetes vegyületek kutatása iránt érdeklődő hallgatók (átlagosan évente 5–6) tudományos diákköri munkát végeznek és eredményesen vesznek részt TDK-konferenciákon. A Gyógyszertudományi Doktori Iskola keretein belül az Intézet oktatói 5-10 PhD-hallgató munkáját irányítják.
Az intézet feladata a Gyógynövény- és drogismeret (Farmakognózia), a Fitoterápia, valamint a Gyógyszerészi növénytan tárgyak elméleti és gyakorlati oktatása magyar, angol és német nyelven. Az intézet oktatja szabadon választható tárgyként A folyadékkromatográfia és analitikai alkalmazásai, az Étrend-kiegészítők, a Fitokémia, a Gyógynövény biotechnológia, a Gyógynövények és a kozmetika kapcsolata, a Mérgező növények, növényi mérgezések tárgyakat, valamint orvostanhallgatóknak a Fitoterápia, gyógynövények alkalmazása a mindennapi orvosi gyakorlatban tárgy oktatása történik az Intézetben. Az Egészségtudományi Kar mesterképzésén belül Természetes eredetű anyagok, gyógyszerek, gyógyhatású készítmények, gyógynövények tárgy elméleti és gyakorlati oktatása szintén az intézet feladata.
A posztgraduális képzésben (PhD-, szakgyógyszerész- és gyógyszerész-továbbképzés) a gyógynövényekkel, természetes eredetű gyógyszerekkel, étrend-kiegészítőkkel és biotechnológiával kapcsolatos területeken az Intézet szintén részt vesz.
Az intézet fő kutatási profilja a speciális növényi anyagcseretermékek közül a fenoloidokra, alkaloidokra és illóolajokra irányul. A természetes vegyületek közül részletesen vizsgáljuk továbbá az anyatej oligoszacharidok szerepét, szerkezetét, kémiai tulajdonságait, a ciklodextrinek és félszintetikus származékaik szerkezetét és analitikai felhasználásának lehetőségeit, illetve a gombák másodlagos anyagcseretermékeit. A természetes vegyületeket korszerű bioanalitikai módszerek segítségével vizsgáljuk: összetételüket tömegspektrometriás, valamint kapcsolt kromatográfiás és elektroforetikus módszerekkel térképezzük fel. Bio-assay irányított elválasztástechnikai módszerekkel történő izolálásukat követően szerkezetvizsgálatot és in vitro hatástani teszteket végzünk. Biotechnológiai laboratóriumunkban optimalizáljuk az in vitro (gyógy)növény-kultúrák speciális anyagcseretermékeinek termeltetését.