Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban

Órák: kedd, 16:00 – 17:30

A kurzus első órája: 2020/09/15

Helyszíne: Élettani Intézet könyvtára (EOK, “A” fésű, 3. emelet)

A kurzus célja az orvosbiológusok napi munkáját, kutatását támogató legfontosabb, legelterjedtebb bioinformatikai módszerek és adatbázisok ismertetése, használatuk bemutatása, a módszerek és adatbázisok mögött álló algoritmusok vázlatos leírása, továbbá a figyelem felhívása a helytelen használatukból eredő veszélyekre. A kurzus döntő mértékben támaszkodik internetes erőforrásokra. A kurzus 13 előadásból áll, heti egy-egy alkalommal 90 perces időtartamban.

Az előadásokat Dr. Cserző Miklós tartja.

1. Bevezetés
2. Adatbázisok
3. Szekvenciaillesztés
4. Többszörös illesztés
5. Keresés adatbázisokban
6. Integrált adatbázisok
7. Bioinformatikai modellek
8. Szekvenciaelemzés
9. Szekvenciaelemzés gyakorlat
10. Klaszterek, klaszterezés
11. Gén-chip elemzés
12. Rendszerbiológia
13. Molekulamechanika, molekuladinamika

• The Roots of Bioinformatics in Theoretical Biology
• Bioinformatics alive and kicking
• Heavy use of equations impedes communication among biologists
• Discovery of principles of nature from mathematical modeling of DNA microarray data
• MisPred a resource for identification of erroneous protein sequences in public databases
• FixPred: a resource for correction of erroneous protein sequences
• eTBLAST: a web server to identify expert reviewers,
• The Ensembl Analysis Pipeline
• The Ensembl Automatic Gene Annotation System
• An online bioinformatics curriculum
• A New Online Computational Biology Curriculum
• Balibase (sample)