A Neurológiai Klinika a Semmelweis Egyetem egyetlen graduális és posztgraduális neurológiai képzést nyújtó intézete, ahol évente mintegy ezer hallgató graduális neurológiai oktatása folyik. A klinika 90 aktív ágyon állandó felvételes rendszerben végzi a főváros és az agglomeráció egy részének akut ellátását, továbbá aktívan részt vesz a különböző idegrendszeri megbetegedésekhez kapcsolódó kutatásokban is.
A magyar, angol és német nyelvű V. és VI. évfolyamos hallgatók számára a neurológiai oktatás kétszemeszteres rendszerben folyik. Neurológiai témából évente 15-20 szakdolgozat és néhány rektori pályázat készül. A klinika irányítja a budapesti régióban a rezidensképzést, ami évente 15–20 belépő orvost jelent. A szakorvosképzésben a klinika saját programjával vesz részt, ezen belül három témakörből (neuropatológia, elektrofiziológia, , ágy melletti gyakorlati képzés) ad speciális kurzusokat. Évi 8–10 szakorvosjelölt készül szakvizsgára a klinikán 4–6 hónapon keresztül. Az intézet rendszeresen szervez továbbképző tanfolyamokat neurológusok számára. Önálló, Klinikai neurológiai kutatások című, öt alprogramból álló PhD programjával 2000-ben csatlakozott az egyetemi doktori képzéshez.
A tudományos kutatás főbb területei közé tartozik a Parkinson-kór, az agyi keringészavarok, az idegrendszer degeneratív betegségei, a prion-betegségek, a kognitív zavarok és afázia, az önálló fejfájás-betegségek, a neuroimmunológiai kórképek, az izom- és perifériás idegbetegségek vizsgálata. Az egyetemek közötti szerződések alapján külföldi és magyar intézményekkel tudományos együttműködést ápol a klinika.
Az intézmény 90 aktív ágyon állandó felvételes rendszerben végzi az V., VIII. kerületek, a ráckevei és az érdi kistérség akut ellátását. A 8 ágyas szakmaspecifikus szubintenzív részleg kezeli az akut ellátást igénylő neurológiai betegeket, beleértve az agyi érkatasztrófák trombolízisét. A stroke betegség mellett az idegrendszeri degeneratív betegségek, mozgászavarok és demenciák, izom-, neuroimmunológiai, neurogenetikai, daganatos betegségek gyógyítását végzi, emellett az epilepsziás és a perifériás idegrendszeri betegségek kezelése is beletartozik a klinika portfóliójába. Az intézmény 12 speciális ambulancián fogad cerebrovascularis (agyi érbetegségek), fejfájásban, epilepsziában, Parkinson-betegségben, kognitív zavarokban, izom- és perifériás kórképekben szenvedő, öröklődő idegrendszeri betegségekkel küzdő, továbbá sclerosis multiplexes pácienseket. 1975-től a klinikán Parkinson-központ működik.
Az intézményben agy-gerincvelői folyadék (liquor), ultrahang, elektrofiziológiai laboratórium, pszichológiai, valamint neuropatológiai és immunhisztokémiai kutatólaboratórium működik. 2001-től a Schaffer Károly Klinikai Neuropatológiai Laboratórium a prionbetegségek központja a II. Sz. Patológiai Intézettel együttműködésben. Az elektrofiziológiai, valamint ultrahang-laboratórium járóbetegeket is vizsgál, a specializált liquorlaboratórium pedig külső intézményeket is kiszolgál. A képalkotó diagnosztikát a Radiológiai Klinika és 2006 februárjától a Szentágothai Tudásközpont és a Semmelweis Egyetem által üzemeltetett MRI labor látja el, ahol morfológiai és funkcionális vizsgálatok elvégzésére is van lehetőség.
A beteggondozást logopédus, klinikai pszichológusok és gyógytornászok segítik. 2008-tól a Neurológiai Klinika Molekuláris Neurológiai Központja ideg-, izom- és bőrbiopsziák fény- és elektronmikroszkópos feldolgozását vállalta, a Központ 2012-ben levált a klinikától és azóta a klinikával együttműködve, de független egységként működik. A központban lehetőség van az örökletes idegrendszeri betegségek géndiagnosztikájára (pl. Huntington-kór, mitokondriális betegségek, familiáris Parkinson-kór), illetve poligénes multifaktoriális betegségek genetikai rizikótényezőinek vizsgálatára (pl. stroke, familiáris Alzheimer-kór).
Az Ideggyógyászat Jövőjéért Közhasznú Alapítvány 2009-ben jött létre a neurológiai betegellátás, oktatás és kutatás fejlesztésére. A Schaffer Károly Emlékére Alapítvány 2001-ben pályázatot alapított a klinikai neurológiai kutatások tárgykörében dolgozatot benyújtó rezidensek, szakorvosok, és PhD-hallgatók részére.