A Klinikai Pszichológiai Tanszék elődje az 1981-ben az Orvostovábbképző Egyetemen megalakult Pszichiátriai Tanszék, mely Moussong Kovács Erzsébet vezetésével kezdettől Pszichátriai és Klinikai Pszichológiai Tanszékként működött. Itt kezdődött 1981-től a kétévenkénti rendszerben folyó klinikai szakpszichológus képzés. Az Országos Ideg- és Elmegyógyászati Intézetbe (OIE, később Országos Pszichiátriai és Neurológiai Intézet, OPNI) kihelyezett tanszék szakvezető docense Szakács Ferenc volt, aki 1994-ig, tizenhárom éven keresztül irányította a szakképzést.
1994-ben az akkor már Haynal Imre Egészségtudományi Egyetemen (HIETE) létrejött a Bagdy Emőke által vezetett Klinikai Pszichológiai Tanszék. A Tanszéknek mindössze egy részidős tanszékvezetői, egy részidős docensi és egy adjunktusi állást biztosítottak, de 1995-ben az adjunktusi álláshely is megszűnt. Ennek ellenére sikerült – Gerő Zsuzsa munkája nyomán – megszervezni a gyermek klinikus szakképzést. A Tanszék munkájában lényeges szerepet játszottak az OPNI munkatársai, és a munkaerő átcsoportosítással tanszéki feladatokat is ellátó részfoglalkozású adminisztrátorok.
A Tanszék aktív szerepet játszott a klinikai pszichológus szakképzés és a pszichológus alapképzés, valamint az egyéb szakképzési formák, doktori képzések összehangolásában, az egységes felvételi követelmények kidolgozásában. E koordinációs munka intézményi szinten annak ellenére sikeresnek mondható, hogy a klinikai pszichológiai szakképzésnek, mint az egészségügyben folyó szakirányú szakképzésnek az Egészségügyi Minisztérium lett a felügyelője, és így a klinikus szakképzés elvált a pszichológus szakképzés egyéb ágaitól. 2000 őszétől a szakképzés új, négy éves rendszer szerint folyik. A Klinikai Pszichológiai Tanszék vezetőjének koordinációjával akkreditált képzéssé vált a Klinikai és mentálhigiéniai felnőtt szakpszichológus, a Klinikai és mentálhigiéniai gyermek és ifjúsági szakpszichológus, valamint az ezekre épülő Pszichoterapeuta-, Klinikai neuropszichológus-, Klinikai addiktológiai-, Igazságügyi klinikai- és Klinikai írásszakértői szakpszichológus képzés. Koordináló tanszékként részt vett a pécsi és debreceni szakirányú szakképzés elindításában.
A tanszéken létrehozott Klinikai Pszichológiáért Alapítvány hozta létre a “Magyar Klinikai Pszichológiáért” díjat és kitüntetést, melyet először 1999-ben, a tanszék fennállásának 5. évfordulóján adományoztak (a kitüntetettek Gerő Zsuzsa – poszthumusz -, Szakács Ferenc és Szegedi Márton voltak).
A tanszék élére 2001. július elsején Dr. Perczel Forintos Dóra egyetemi docenst nevezték ki, aki korábban a Semmelweis Egyetem Pszichiátriai és Pszichoterápiás Klinikáján dolgozott.
A Klinikai Pszichológia Tanszék az Általános Orvostudományi Kar önálló szervezeti egysége. 2002. január elseje óta a Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Karának első pszichológia tanszéke és egyben az ország egyetlen önálló Klinikai Pszichológia Tanszéke.
2007. december 31-ig a Klinikai Pszichológiai Tanszék valamennyi szakfeladat megvalósításában együttműködött az Országos Pszichiátriai és Neurológiai Intézet Klinikai Pszichológiai Osztályával és Szakambulanciájával, az egykori befogadó intézmény megfelelő alegységével, amellyel funkcionális egységet alkotott.
2008. január elsejétől az Országos Pszichiátriai és Neurológiai Intézet bezárását követően a Klinikai Pszichológiai Tanszék és Szakambulancia a VIII. kerületben, a Tömő u. 25-29. szám alatt folytatja működését. Ezt követően a Tanszék bekapcsolódott az egyetemen folyó medikus képzésbe (Az öngyilkossági veszélyállapot felismerése és megelőzése és Az orvosi hivatás kritikus helyzetei és a velük való megküzdés c. kurzusokkal részletesen ld. Oktatás menüpont), tovább folytatta kutatási tevékenységét (ld. Tudományos kutatómunka menüpont), és a serdülőrendeléssel szélesedett a Szakambulancia profilja (ld. Betegellátás és szakmai profilok).