A magyar arc-, állcsont-, szájsebészet az általános, és elsősorban a hadisebészetből nőtte ki magát. Az 1848-49-es szabadságharc alatt Balassa János óriási tapasztalatot szerzett az első szájsebész jellegű műtétekből, melyeket le is írt, majd később a szájpadhasadékok ellátásával és a műtéttechnikai megoldásokkal is foglalkozott. 1890-ben nyílt meg az Egyetemi Fogászati Intézet, melynek vezetője Árkövy József volt, akinek munkássága és elismertsége messze túlért az ország határain. Árkövy sebész orvosként dolgozott Magyarországon, majd Londonba ment fogászatot tanulni. Onnan hazatérve alapította meg először a magán, majd az egyetemi fogászati iskolát, melyet az 1900-as évek elején az orvosi curriculumba hivatalosan is bevettek (ekkor még nem volt önálló fogorvos képzés). 1900-ban az intézet odontotechnikai laboratóriummal bővült az intézet és ezzel egy időben nyíltak meg a kiteljesedés lehetőségei is.
A mai Arc-Állcsont-Szájsebészeti és Fogászati Klinika elődjének megalapítására 1909-ben került sor, mikor is a Mária és Pál utca által határolt telken felépült és megnyílt az akkori Európa egyik legjobban felszerelt fogászati klinikája, a Stomatológiai Klinika. Ennek szerkezete, teljes berendezése az oktatás, a szakorvosképzés szempontjainak maximális figyelembevételével készült. A Stomatológiai Klinika volt Európában az egyik első olyan intézmény, amely fekvőosztállyal is rendelkezett.
Az I. világháború alatt nagy fejlődés vette kezdetét, hiszen fontosnak tartották a sok arc-, állcsontsérültek megfelelő ellátását. A Stomatológiai Klinika megtelt, sőt egyéb kezelő helyiségeket is kórtermekké, műtőkké kellett átalakítani. Árkövy József 1920-ban ment nyugdíjba és 1922-ben meghalt. Utódja Szabó József lett, igazgatói időszaka alatt mind a szakorvosképzésben, mind a tudományos élet területén jelentős fellendülés következett be: a Klinika belső szerkezetét felújította és a maxillofaciális sebészet oktatását is kibővítette. A klinikát a kor szakmai színvonalán bővítette, pl. röntgen osztály létesített illetve az új tudományágak meghonosítását is segítette.
Galéria
Szabó halálát követően Máthé Dénes egy nagynevű fogorvos dinasztia tagja lett a klinika igazgatója, akit 1944-ben Balogh Károly követett. Az Ő kezdeményezésére 1947-től a fogászat kötelező tantárgyként szerepel az orvosképzésben, majd 1955-ben létrehozta az önálló Fogorvostudományi Kart. A fogászati szaktárgyak előadói a Klinika tagjai közül kerültek ki, akik néhány év alatt egyetemi tanári, illetve egyetemi docensi fokozatot kaptak. Balogh Károly az 1946/1947-es tanévben az Orvosi Kar, és 1955-1964 között a Fogorvosi Kar dékáni tisztét töltötte be. Mint a Fogorvosi Kar dékánja szervezte meg 1959-ben a négy fogászati tanszéket. 1971-től van lehetőség hivatalosan szájsebészetből szakvizsgát tenni.
1997-ben megvalósult a Szájsebészeti Klinika rekonstrukciója és megújultak a klinikák berendezései, modernizálták műtőjét. 2001-ben került átadásra az új fekvőbeteg osztály.