Az első önálló Gyógyszertani Intézetet Magyarországon, Pesten, 1872-ben alapították, nem sokkal azután, hogy más, külföldi egyetemeken is létrejöttek ilyen tanszékek. Azt megelőzően a gyógyszertant az élettan, később a patológia keretében oktatták. Az 1884/85-ös évben költözött át a Gyógyszertani Intézet az Üllői út 26. szám alatti épületbe, ahol közel 100 évig folytatta a hallgatók oktatását és az egyre nagyobb teret kapott kutatást. 1978-ban a Gyógyszertani Intézet az egyetem új elméleti központjába, a Nagyvárad-téri Elméleti Tömbbe (NET) költözött. Az intézet a 22 emeletes épület 3-5. emeletét foglalja el. A Gyógyszertani Intézet neve 1999-ben változott Farmakológia és Farmakoterápiás Intézetre, ami utal az intézeti profil bővülésére.
Az intézet jelenlegi igazgatója 2011 óta Ferdinandy Péter. Korábbi igazgatói: Balogh Kálmán (1871-1888), Bókai (Bókay) Árpád (1890-1919), Vámossy Zoltán (1919-1939), Issekutz Béla (1939-1962), Knoll József (1963-1993), Kelemen Károly (1993-1994), Fürst Zsuzsanna (1994-2004) és Gyires Klára (2004-2011).
Az intézet igazgatói:
Balogh Kálmán
(1871-1888)
Bókai (Bókay) Árpád
(1890-1919)
Vámossy Zoltán
(1919-1939)
Issekutz Béla
(1939-1962)
Knoll József
(1963-1993)
Kelemen Károly
(1993-1994)
Fürst Zsuzsanna
(1994-2004)
Gyires Klára
(2004-2011)
Ferdinandy Péter
(2011-)