Megerősített szerverhátteret kapott a Semmelweis Egyetemen a Neptun rendszer az év első hónapjaiban, ami stabillá teszi a működést. Ez megteremti a hátterét a rendszerhez már korábban is elérhető mobilalkalmazás használatának is. A 2016 augusztusában indult, a hallgatói szolgáltatások fejlesztését célzó ún. HASZNOS Projekt keretében az Informatikai Igazgatóság és a Kommunikációs és Rendezvényszervezési Igazgatóság együttműködésében megtörtént a Neptun mobilapplikáció funkcióinak és biztonságos használatának felülvizsgálata, és döntés született az alkalmazás bevezetéséről. Április 4-től érhetők el a Neptun rendszer funkciói mobileszközön az applikáció használatával.
A 2016-ban végzett igényfelmérés szerint a hallgatók számára kiemelt fontosságú, hogy ügyeiket, elsősorban a Neptun használatához kötött tanulmányi adminisztrációt minél hatékonyabban tudják mobileszközökről intézni. A HASZNOS Projekt keretében az Informatikai Igazgatóság ellenőrizte, hogy az SDA Informatikai Zrt. által fejlesztett mobilalkalmazás egyetemi üzemeltetési háttere biztosítható-e, és az applikáció megfelelő adatbiztonsággal rendelkezik-e. A NEPTUN rendszer 2017 első hónapjaiban megerősített szerverhátteret kapott, így a mobileszközökről érkező bejelentkezések nem okozhatnak túlterhelést a rendszerben.
A Neptun applikáció segítségével mobileszközről is elérhetőek a hallgatói webes felület legfontosabb funkciói, így az üzenetküldés, a tárgyfelvétel, tárgyleadás, a vizsgajelentkezés, vizsgaleadás, a kedvenc NMS fórumokhoz való hozzászólás, az események, naptárbejegyzés létrehozása, valamint visszajelzést lehet írni a fejlesztőknek.
A Neptun mobilalkalmazás elérhető androidos telefonokra a Google Play áruházban, az iPhone-okra az Apple App Store-ban és Windows Phone-okra a Microsoft Store-ban is.