Az új típusú koronavírus (SARS-CoV-2) és az általa okozott járványügyi veszélyhelyzet korábban nem látott kihívás elé állította Magyarországot. A Semmelweis Egyetem folyamatosan figyelemmel kísérte a fertőzéssel kapcsolatos nemzetközi és hazai helyzetet, megtette az egyetemen belül szükséges intézkedéseket és tájékoztatta nemcsak az egyetem polgárait, de az egész országot a járvánnyal kapcsolatos fejleményekről. Az egyetem rektora Járványügyi Bizottságot hozott létre, a négy hazai orvosképző egyetem részvételével, a Semmelweis Egyetem vezetésével pedig országos, reprezentatív koronavírus szűrővizsgálat zajlott H-UNCOVER néven az első hullám során. Az egyetem 2020. december 26-ától az elsők között kezdte meg a koronavírus elleni védőoltások beadását, és itt indult el elsőként a várandósok és szoptató édesanyák vakcinációja 2021. március 27-én.