A Semmelweis Egyetem munkatársai által beadott oltások száma 2021. szeptember 19-ig meghaladta a 388 ezret. Az egyetemi honlapok fejlécében naponta frissülő oltásszámláló található.
Az egyetemen az országban az elsők között kezdődött meg 2020. december 26-án a koronavírus elleni védőoltások beadása. Kezdetben a kormányzat által elrendelt kórházak és egészségügyi ellátók munkatársainak, valamint a Nemzeti Népegészségügyi Központ engedélye szerinti Semmelweis Polgároknak (egészségügyi munkatársak, hallgatók) az oltását végezte az intézmény. 2021. január 7-én kezdődött meg a szociális intézmények és idősotthonok lakóinak és dolgozóinak oltása, amely a fővárosban a Semmelweis Egyetem feladata volt. 2021. február 4. óta folyik a családorvosok által beutalt oltásra jogosultak vakcinációja is, 2021. március 27-től pedig itt indult el először a várandósok és szoptató édesanyák oltása.
A Semmelweis Egyetemen dolgozó, Klinikai Központ alá tartozó munkatársak 100 százaléka, míg a betegellátásban közvetlenül érintett hallgatók több mint 95 százaléka védett, tehát már megkapta az oltást vagy átesett a koronavírus-fertőzésen.
Az egyetem Kórházhigiénés Osztályának honlapján a védőoltásokkal kapcsolatban egy Gyakran Ismételt Kérdések (GYIK) felület található (csak VPN-ről érhető el).