Az Intézet a Semmelweis Egyetemen 1974-ben létrejött önálló Számítástechnikai Csoportból eredeztethető.
Az oktatás szempontjából lényeges dátum 1986, amikor az akkori Számítóközpont elindította a számítástechnika tantárgy oktatását – magyar, angol nyelven, az Egyetem mindhárom karán – a Kutatási és Oktatási Osztály munkatársaival. Ez az oktatás a mai napig folyik, természetesen az egészségügyi informatika fejlődésének megfelelő tartalommal.
Az Intézet 2004-ben lett önálló szervezeti egység az Általános Orvostudományi Karon belül, majd 2010-ben egyik alapítója lett az Egészségügyi Közszolgálati Karnak. Alapfeladata az egészségügyi szervező szak (szakirány: digitális egészségügyi szervező) BSc képzés mellett az orvostanhallgatók, a fogorvostan-hallgatók és a gyógyszerészhallgatók magyar, angol és német nyelvű graduális orvosi, egészségügyi informatikai képzése.
Az Intézet aktívan részt vesz az országos egészségügyi informatikai kutató-fejlesztő és oktatásfejlesztő projektekben.
