Doktori tanulmányok államilag finanszírozott ösztöndíjas vagy önköltséges formában végezhetők. A képzés 4 szemeszter hosszúságú „képzési és kutatási szakasszal” kezdődik a sikeres felvételi vizsgát követően.

Ebben a fázisban meghatározott kreditértékű (a Semmelweis Egyetemen 16 tanulmányi kreditpont), a kutatással kapcsolatos tematikájú kurzust kell elvégezni a témavezető irányítása mellett. Legalább öt aktív szemeszter lezárása után kérhető az abszolutórium, mely a képzés  lezárását igazolja.

A 4. szemeszter után komplex vizsgán kell számot adni a megszerzett tudományos ismeretekről és kutatási  eredményekről, aminek sikeres letétele után lehet átlépni a második „kutatási és fokozatszerzési szakaszba”. Ennek célja a megkezdett kutatások befejezése, az eredmények publikálása és a doktori értekezés elkészítése (a komplex vizsga teljesítését követően három éven belül), majd munkahelyi vitát követően fokozatszerzésre benyújtása. Ezt követően az értekezés nyilvános védésére kerül sor, aminek sikeres teljesítése után az Egyetemi Doktori Tanács ítéli oda a PhD fokozatot.

A fokozatszerzés feltétele a tudomány műveléséhez szükséges idegen (általában angol) nyelvtudás mellett az előre rögzített publikációs követelmények (legalább 2 eredeti közlemény megfelelő impakt faktorú folyóiratban) teljesítése. A „kutatási és fokozatszerzési szakasz” általánosságban 4 szemeszter hosszúságú, de a doktori értekezés a fokozatszerzési feltételek teljesülése esetén korábban is benyújtható és a PhD fokozat megszerezhető.

Az egyéni fokozatszerzés lehetősége azok számára nyitott, akik a doktori képzés keretein kívül (pl. külföldön vagy egyetemtől független kutatóintézetben) végzett kutatásaikkal teljesítik a fokozatszerzési követelményeket. Ők sikeres szóbeli felvételi vizsgát követően azonnal komplex vizsgát tesznek és a „képzési és kutatási szakasz” kihagyásával, tanulmányi kötelezettség teljesítése nélkül  közvetlenül a „kutatási és fokozatszerzési szakaszba” lépnek, majd a hagyományos PhD képzéssel azonos eljárással szerzik meg a PhD fokozatukat azzal a különbséggel, hogy  hagyományos PhD programban résztvevőkhöz képest másfélszer magasabb impakt faktor feltételeket kell teljesíteniük.

Az egyéni fokozatszerző státusa is hallgató, így a félévekre (minimum egy maximum négy) be kell iratkozni.

Az Nftv. 40. § (6a) bekezdése szerint „a felsőoktatási intézmény a kivételes tehetségű jelentkezőt alapképzésben szerzett fokozattal és szakképzettséggel – párhuzamosan a mesterképzéssel – felveheti doktori képzésre is. A felsőoktatási intézmény az ilyen felvételi döntés feltételéül előírja, hogy a jelentkező tegyen sikeres felvételi vizsgát, és emellett igazolja, hogy kiemelkedő tanulmányi, tudományos és nyelvi ismeretekkel rendelkezik.”

A 2024. évi XIII. tv. 47. § szerint ez azzal egészül ki, hogy „(6a) bekezdésben foglalt módon a hallgató az osztatlan mesterképzési szakon folytatott tanulmányai utolsó két tanévének tanulmányaival párhuzamosan is felvehető doktori képzésre.”

Pályázhatnak a Semmelweis Egyetem MSc vagy osztatlan képzésben részt vevő tudományos diákkörös hallgatói a graduális képzés utolsó előtti és utolsó tanévében. A programban részt vevő hallgatók PhD hallgatói jogviszonnyal (is) fognak rendelkezni.

Az „MD-PhD” hallgatók ösztöndíjban részesülhet és számukra a fokozatszerzési feltételek megegyeznek a hagyományos PhD programban résztvevőkkel, azzal a különbséggel, hogy publikációiknak másfélszer magasabb impakt faktor feltételeket kell teljesíteniük.