A Szerves Vegytani Intézetet az egészségügyi miniszter 1957. május 13-án kelt leiratával hozta létre. Első igazgatója Clauder Ottó (kémiai tudományok kandidátusa) egyetemi tanár lett (1957-1977), akit Szabó László (kémiai tudományok kandidátusa) egyetemi tanár követett (1977 és 1996 között). 1996 és 1997 között Kocsis Ákos egyetemi docens látta el a megbízott vezetői feladatokat. Az Intézetet 1997-től 2016-ig Mátyus Péter (MTA doktora) egyetemi tanár vezette. 2016 májusától 2017 júniusáig Krajsovszky Gábor egyetemi docens kapott megbízást az Intézet vezetésére. 2017 júliusától az Intézet igazgatója Mándity István egyetemi docens.
A SZERVES VEGYTANI INTÉZET 1957–1997 KÖZÖTTI TÖRTÉNETE
1957-1977
Az Intézet alapító igazgatójának, Clauder Ottónak tudományos munkássága az iparban elsősorban az alkalmazott gyógyszerkutatás irányába alakult ki. Áttérve az Egyetemünkre a Szerves Vegytani Intézet keretén belül az Intézet kutatási irányaként így elsősorban a gyógyszerkutatást jelölte meg. Az Intézet kutatási lehetőségeinek mérlegelése, valamint a fennálló és jól működő más intézmények hasonló jellegű munkája alapján a gyógyszerkutatásnak egy oly területét választotta, amely kevésbé volt telített és ez az alkaloid kutatás iránya lett. Az izolálási lehetőségek széles köre, az izolált alkaloidok szerkezetének vizsgálata sztereokémiai problémái, szerves kémiai szempontból értékes területnek bizonyult, ugyanakkor az alkaloidok érdekes fiziológiai tulajdonságai, gyógyszerként való alkalmazásának felhasználása érdekes témákat rejtettek magukban. Intézeti működésének idejében figyelme egyre inkább az alkaloid-kémia felé fordult. A vinkamin szerkezetének igazolása, a Vinca-alkaloidok kémiai átalakulásainak tanulmányozása, a kémiai szerkezet és biológiai hatás összefüggéseinek vizsgálata kiemelkedő jelentőségű. Alkaloid-rendszere szigorú logikai felépítésével és világos szerkezetével egyedülálló az irodalomban.
1977-1996
A fenti időszak intézetigazgatója, Szabó László a Szerves kémia főkollégiumot, valamint Gyógyszerszintézis, Elméleti szerves kémia és Természetes vegyületek kémiája tárgykörben speciálkollégiumot tartott gyógyszerészhallgatók részére.
Fő kutatási területe a természetes vegyületek kémiája, alkaloidok (elsősorban indolalkaloidok) és iridoidok (elsősorban szekologanin), heterociklusos kémia (kinolizin-származékok szintézise és tulajdonságai), polimer hordozós szintézis volt. Munkatársaival részletesen tanulmányozta a szekologanin kémiáját. Ennek során elsőként igazolta az indolalkaloidok biogenetikai prekurzorának, a sztriktozidinnek a teljes térszerkezetét, számos kémiai és biomimetikus átalakítást végzett, gráfanalízissel vizsgálta a reakciók diverzitásának és szelektivitásának kérdését. Érdekelték az elméleti szerves kémia, különösen a perturbációs molekulapálya elmélet kérdései. Megalkotta a szekologaninból származó indolvázas alkaloidok bioorganikus rendszerezését.
Intézetvezetői tevékenysége során bevezette az oktatásba a spektroszkópiát és a számítógépes irodalomkeresést. Korábban kollégáival Szerves Kémiai Praktikumot állított össze, majd Szerves Kémiai Összefoglalót készített gyógyszerészhallgatók részére. Magyarországon először alkalmazta a Merrifield (polimer hordozós) szintézist nem-biopolimer jellegű molekulák kémiájában. Tudományos kapcsolatot alakított ki a merseburgi Technische Hochschule für Chemie és az Université Libre de Bruxelles Szerves Kémiai Intézetével, valamint a gráci Karl-Franzens Universität Gyógyszerészi Kémiai Intézetével.
1997-2016
Az Intézet egyik fő kutatási területe 1997-től kezdődően Mátyus Péter vezetése alatt a diazinok, köztük a természetben is előforduló származékok, elméleti és szintetikus kémiája: az utóbbi időben különösen piridazinok és uracilok körében palládiumkatalízissel megvalósított szén-szén keresztkapcsolási reakciók alkalmazásával kidolgozott szintézisstratégiák, valamint átrendeződési reakciók mechanizmus-vizsgálata és szintetikus kiterjesztése és továbbfejlesztése terén születtek értékes eredmények.
A kutatómunka másik fő területét gyógyszerkémiai munkák, például amin-oxidáz enzimekre ható vegyületek mint potenciális gyulladásgátlók, illetve neurodegenaratív gyógyszerek tervezése és előállítása képezték. Az Intézet egyetemi, akadémiai intézetekkel (pl. Semmelweis Egyetem: Gyógyszerhatástani Intézet, Farmakológiai és Farmakoterápiás Intézet, Szemészeti Klinika, II. sz. Belgyógyászati Klinika, Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Debreceni, Pécsi és Szegedi Tudományegyetemek, MTA Kémiai Kutató Központ; Universität Wien, University Palermo, University Cagliari, Universidad de CEU San Pablo (Madrid), National University Singapore, valamint gyógyszeripari cégekkel (például Richter Gedeon Gyógyszergyár, Pannonpharma) folytatott együttműködést. Jelentős hazai és nemzetközi pályázatok elnyerése és azokban való részvétel (például OTKA, NIH, TÁMOP) révén, valamint a szerves és gyógyszerkémia legrangosabb folyóirataiban megjelent publikációkkal (az utóbbi néhány évben végzett kutatómunka eredményei több mint félszáz, túlnyomó többségében nemzetközileg jelentős közleményben látott napvilágot), találmányi bejelentésekkel és konferenciákon való megjelenéssel a Szerves Vegytani Intézet a hazai és nemzetközi szakmai közéletben szerzett további elismerést.
2017-től Mándity István az Intézet vezetője. Jelenleg a fő kutatási profilok − az intézeti hagyományokat is részben megőrizve − elsősorban (alapkutatás szintjén) heterociklusos kémiai szintézisek, kloridion transzporter vegyületek előállítása, peptidkémia, bifunkciós vegyületek kémiája, továbbá a „zöld kémia” eljárásainak bevezetése (úgymint szén-dioxid neutrális oldószerek felhasználása, vízben menő szerves kémiai reakciók kidolgozása, áramlásos kémiai technológia alkalmazása).