A keretszámos fondrendszer kialakításánál a korábbi SOTE szervezetét és az egykori Orvosi Kar felépítését vettük alapul. Az egy-egy iratképzőtől származó fondokon belül a legjellegzetesebb iratsorozatokból hoztunk létre állagokat. Az iratanyag ismertetésénél a bevált módszer szerint a fondokat arab számmal jelöltük, míg az állagokat betűjelekkel láttuk el. Ebből, valamint az adott irattári jelzetből, illetve nem iktatott iratok esetében a pontos keletkezési dátum megjelöléséből áll a levéltári jelzet, amelyre a levéltári anyag használatakor hivatkozni kell és lehet.

A Semmelweis Egyetem levéltári állománya jelenleg (2023) 92 fondból és 158 állagból áll. Fondrendszere az alábbiak szerint épül fel:

I. fondcsoport:

Az 1-50. tartó I. fondcsoportot a jogelőd intézményeknek, központi hivataloknak és önálló szervezeti egységeknek tartottuk fenn. Az 1. fondot a volt Orvostudományi Kar megmaradt iratanyaga képezi, tárgyilag jól elkülöníthető állagokkal. A másodikat az egykori tudományegyetemi Gazdasági Hivatal, az ún. Quaestura orvoskari vonatkozású iratai, melyek 1995 márciusában kerültek át az ELTE Levéltárából. A harmadikat az önálló orvosegyetem Rektori Hivatalának fondja alkotja. Már elöljáróban le kell szögeznünk, hogy ez az iratanyag – a központi iktatás következtében – tulajdonképpen a SOTE központi szerveinek valamennyi legfontosabb iratanyagát tartalmazza, tehát a közelmúlt történetére nézve elsőrendű forrásértékű.

A 4. fond a BOTE Gazdasági Hivatalának iratait tartalmazza, de csak 1958-ig. A magyarázat az előzőekből világos. A központi iktatás miatt a későbbiekben a Gazdasági Igazgatóság legfontosabb iratai a központi irattárba kerültek, tehát az előző fondban találhatók. Az 5., 6. és 7. fondot az egykori SOTE dékáni hivatalainak anyagából hoztuk létre. Ezek közül főleg a Gyógyszerésztudományi Kar irataira hívjuk fel a figyelmet, mivel e fond nemcsak a kar jogi értelemben vett létrehozásától, azaz 1955-től tartalmaz forrásokat, hanem éppen száz esztendővel korábbi időponttól. A volt Orvostudományi Kar iratain belül jól elkülöníthető sorozatok maradtak meg a gyógyszerészképzésről, s ezeket nem lett volna helyes elszakítani a mai Gyógyszerésztudományi Kar anyagától. Ezért kerültek az 1951 előtti iratok is az első helyett ebbe a fondba.

A következő négy fond (8-11.) a rektorhelyettesek iratait tartalmazza. A 12. fondba a főtitkár iratait soroltuk, a következőbe pedig a Személyzeti és Oktatási Osztályét (ma Humánpolitikai Igazgatóság). Ennek egyik legérdekesebb sorozata a diplomás egyetemi dolgozókról 1958 óta vezetett személyi anyagoké. Az adatvédelmi törvény előírásai miatt azonban ez az állag kutatási korlátozás alá esik. A 14. és a 15. fond a Központi Könyvtár, illetve az 1993 óta működő Levéltár iratait tartalmazza. A következő három fond (16-18.) a rendszerváltással megszűntetett társadalmi szervezetek, az egyetemi Szakszervezeti Bizottság, az MSZMP Pártbizottság és a KISZ-szervezet töredék iratait foglalja magába.

Nem rendszeres iratátvétellel kerültek levéltárba, hanem más iratsorozatokból különítettük el őket, esetenként félreeső helyeken bukkantunk rájuk. Ugyanez mondható el a 19. fondba sorolt Orvosegyetem Sport Club töredék iratairól is. Az Oktató Kórház (az egykori Kútvölgyi úti Állami Kórház) rendszeres átvétellel bekerült iratai képezik a folyamatosan bővülő 20. fondot. Ezzel együtt a kórház irattára még jelentős mennyiségű és forrásértékű átveendő iratanyaggal rendelkezik. A fondcsoport végére soroltuk az új keletű történeti interjúkat (48. fond), a képgyűjteményt (49. fond) és a vegyes iratok sorozatait (50. fond). Az interjúk ún. oral history archivumot képeznek, ahol a hangfelvételek mellett megtalálhatók a beszélgetések írott, szerkesztett változatai is. A képgyűjteményt jobb megoldás híján tematikusan rendeztük. Mivel a képek nagyobbik része azonosítatlanul került a levéltárba, egyelőre nem tudtunk név- és tárgymutatót szerkeszteni hozzá. A vegyes iratok fondja gyűjteményes jellegű és részben olyan töredék fondokat tartalmaz, amelyekből értelmetlen lett volna külön levéltári egységek létrehozása.

II. fondcsoport:

II. fondcsoportot (51-150. fond) az Általános Orvostudományi Kar intézeteinek és klinikáinak iratai képezik. A II. sz. Belgyógyászati Klinika iratai (51. fond) csak a két háború közötti időszakot ölelik fel. Sokkal teljesebb a Marxizmus-leninizmus Intézet iratsorozata (52. fond), mely a tanszék átalakítása, majd 1993-ban történt felszámolása után került levéltárba. Az 53. fondot képező I. sz. Gyermekgyógyászati Klinika iratai sajnos jóval töredékesebbek, de a XIX. század közepéig nyúlnak vissza. Ez a fond jelenleg nem a levéltárban, hanem a klinika könyvtárában található, ahol kutatási lehetőséget is biztosítanak. A II. sz. Gyermekgyógyászati Klinika (54. fond) és a Gerontológiai Központ (55. fond) iratai rendes átvétellel kerültek levéltárba. Utóbbiban megtalálhatók az épületet korábban használó Budapesti Magyar Királyi Bábaképezde töredék iratai is.

A III. sz. Belgyógyászati Klinika (56. fond) Sváb-hegyi épületéből való kiköltözésekor hagyta hátra meglehetősen teljes, 1959-ig visszanyúló iratanyagát. A II. sz. Sebészeti Klinika (57. fond) iratai pedig annak felszámolása után kerültek be. Ez természetesen nem tartalmazza a betegellátással kapcsolatos hatalmas mennyiségű iratanyagot, hiszen ezek nem tartoznak a levéltár gyűjtőkörébe. Az I. sz. Pathológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet jelentős terjedelmű (33 ifm.), egészen az intézet alapításáig (1845) visszanyúló sorozata jelenleg is az intézet őrzésében van, az anyag kutatása helyben megoldható. A III. sz. Sebészeti Klinika (59. fond) iratai igen töredékesek, mivel nem szabályos átvétellel kerültek be. Ugyanez áll a Neurológiai és Psychiátriai Klinika (60. fond) csekély mennyiségű anyagára is. A Közegészségtani Intézet (61. fond) anyaga 1963-tól teljesnek mondható, míg az Urológiai Klinika (103. fond) töredék iratait a Fővárosi Levéltár adta át illetékességből.

III-VI. fondcsoport:

A III. fondcsoportot az Egészségtudományi Karnak tartottuk fenn, de itt az iratátvételt csak 2023-ban tudtuk elindítani. A kar központi iratait (Főigazgatói Hivatal, Tanulmányi Osztály) már korábban a karon rendeztük, de őrzésük részben továbbra is kar székhelyén történik.

IV. fondcsoport (201-250. fond) a Fogorvostudományi Kar intézetei és klinikái számára tartjuk fenn. Itt három tanszékről (Gyermekfogászati és Fogszabályozási Klinika – 201. fond, Konzerváló Fogászati Klinika – 202. fond, Fogpótlástani Klinika – 203. fond) gyűjtöttünk be iratokat az új oktatási épületbe való átköltözésük kapcsán.

Az V. fondcsoport (251-300. fond) a Gyógyszerésztudományi Kar intézeteié. Itt egyelőre csak a Gyógyszerészi Kémiai Intézet (251. fond) 1949-1992 közötti iratai érkeztek a levéltárba.

Végül az VI. fondcsoport (301-től) a személyi hagyatékoké, melyekből jelenleg 23 fondot őrzünk. Közülük a 308. fond gyűjteményes jellegű, amely az egy doboznyit meg nem haladó kisebb személyi hagyatékokat foglalja magába. A gyermekgyógyász ifj. Bókay János hagyatéka (309. fond) – az I. sz. Gyermekgyógyászati Klinika irataihoz hasonlóan – ugyancsak a levéltáron kívül, a klinika könyvtárában található.

A feldolgozott és ismertetett iratanyag 61 fondot és 110 állagot tartalmaz 5952 raktári egységben. A levéltárban őrzött iratok mennyisége 531,47 iratfolyóméter (ifm.).

I. 1-50. Jogelőd intézmények, központi hivatalok, önálló szervezeti egységek.

1. Magyar Kir. (Pázmány Péter) Tud.egy. Orvosi Kara 
2. Quaestura
3. Budapesti/Semmelweis Orvostudományi Egy. Rektori Hivatala 
4. BOTE Gazdasági Hivatala
5. Ált. Orvostudományi Kar Dékáni Hivatala
6. Fogorvostudományi Kar Dékáni Hivatala
7. Gyógyszerésztudományi Kar Dékáni Hivatala
8. Általános rektorhelyettes
9. Klinikai rektorhelyettes
10. Oktatási rektorhelyettes
11. Tudományos rektorhelyettes
12. Főtitkár
13. Személyzeti és Oktatási Osztály
14. Központi Könyvtár
15. Levéltár
16. Szakszervezeti Bizottság
17. SOTE MSZMP PB
18. SOTE KISZ-szervezet
19. Orvosegyetem Sport Club
20. Oktató Kórház (Kútvölgyi Klinikai Tömb)
48.Történeti interjúk
49. Képgyűjtemény
50. Vegyes iratok

II. 51-150. Általános Orvostudományi Kar intézetei és klinikái.

51. II. sz. Belgyógyászati Klinika
52. Marxizmus-leninizmus / Társadalomtudományi Tanszék
53. I. sz. Gyermekgyógyászati Klinika (a klinikán őrizve)
54. II. sz. Gyermekgyógyászati Klinika
55. Gerontológiai Központ
56. III. sz. Belgyógyászati Klinika
57. II. sz. Sebészeti Klinika
58. I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet
59. III. sz. Sebészeti Klinika
60. Neurológiai és Psychiatriai Klinika
61. Közegészségtani Intézet
62. Nagyvárad téri Elméleti Tömb Igazgató Tanácsa
68. Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet
73. Sebészeti Anatómiai és Műtéttani Intézet
79. Orvosi Mikrobiológiai Intézet
102. Traumatológiai Tanszék
103. Urológiai Klinika

III. 151-200. Egészségtudományi Kar
IV. 201-250. Fogorvostudományi Kar intézetei és klinikái.

201. Gyermekfogászati és Fogszabályozási Klinika
202. Konzerváló Fogászati Klinika
203. Fogpótlástani Klinika

V. 251-299. A Gyógyszerésztudományi Kar intézetei.

251. Gyógyszerészi Kémiai Intézet

VI. 300. Doktori Iskola.
VII. 301-től Személyi hagyatékok

301. Semmelweis gyűjtemény
302. Győry Tibor iratai
303. Genersich Antal iratai
304. Kollarits Jenő iratai
305. Dabis László iratai
306. Szabó Zoltán iratai
307. Szentágothai János iratai
308. Kisebb személyi hagyatékok
309. Bókay János jun. iratai
310. Bekény György iratai
311. Péter Ágnes képgyűjtemény
312. Mátéfy László
313. Rex-Kiss Béla
314. Szenthe István
315. Tarján Imre iratai
316. Bogina Elemér iratai
317. Mózsa Szabolcs iratai
318. Magyary-Kossa Gyula képgyűjteménye
319. Szécsény Andor
320. Lapis Károly iratai
321. Zsebők Zoltán
322. Kelemen Endre iratai
323. Brooser Gábor iratai 
324. Jászsági István iratai
325. Szollár Lajos iratai
326. Krepuska Géza iratai
327. Bécsi Antal iratai
328. Füst György iratai
329. Gyarmati István iratai
330. Honti József iratai
331. Balogh Károly iratai
332. Jellinek Harry iratai
333. Sótonyi Péter iratai
334. Monos Emil iratai
335. Zalai Károly iratai
336. Clauder Ottó iratai
337. Kádár Anna iratai
338. Krakovits Gábor iratai
339. Sándor József iratai
341. Baló József iratai
342. Babics Antal iratai
343. Balogh Ferenc iratai