Az Informatikai Főigazgatóság 365×24 órában felügyeli és üzemelteti az egyetem informatikai és távközlési gerinchálózatát, az azt működtető optikai és mikrohullámú átvitel-technikai és csomóponti vezérlőeszközöket, a központi szerver számítógépeket. Működteti és felügyeli továbbá, az Egyetem informatikai és távközlési alrendszereit, biztosítja az Internet és intranet szolgáltatást, az elektronikus levelezést, betörés- és vírusvédelmet.
Üzemelteti az egyetemi szintű alkalmazói rendszereket (SAP integrált gazdaság-irányítási rendszer, MedSolution/eMedSolution klinikai informatikai rendszer, GLIMS , MedBakter, SOTEKIR Labor labordiagnosztikai informatikai rendszerek, PACS képdiagnosztikai rendszer, NEPTUN Egységes Felsőoktatási Tanulmányi Rendszer), koordinálja az ahhoz kapcsolódó folyamatokat.
Támogatja az egyetemi infrastruktúrát felhasználó munkatársak napi munkájának elvégzését.
Rövid- és középtávú terveket készít az informatikai és távközlési jellegű fejlesztésekre, szakmai, szervezési, koordinációs és finanszírozási szempontból javaslatokat terjeszt fel az egyetem vezetése felé, és döntésre előkészíti azokat. Közreműködik az Egyetem új informatikai rendszereinek tervezésében, azok pályázati kiírásában, bevezetésében. Szakmai szempontok, és a helyi adottságok alapján javaslatot tesz a szakmailag optimális környezet megteremtésére, és támogatást nyújt azok üzemeltetésében.