A szervezet gazdálkodását az Alapítvány Kuratóriuma, valamint Felügyelőbizottsága, illetve az Alapítvány által megbízott független könyvvizsgáló ellenőrzi. Az Alapítvány irataiba (kivéve a személyes adatokat tartalmazó vagy egyéb ok miatt nem publikus iratokat) bárki betekinthet előzetes egyeztetést követően a Semmelweis Egyetem Alapítvány irodájában.