Az intézet kutatási területe alapvetően négy úton indult el:
- molekulamodellezés, melynek keretében kismolekula-receptor kölcsönhatások vizsgálhatók, „state of the art” ipari szabvány szoftverekkel. Így gyógyszermolekulák kötődési mechanizmusa érthető meg. Továbbá kismolekulák, peptidek, foldamerek konformációs vizsgálata is kivitelezhető.
- zöld kémiai átalakítások, melyek alkalmazásával környezetbarát módon lehet szerves szintéziseket kivitelezni. Ezek a környezeti erőforrásokat megtartják, sokszor szén-dioxid neutrális oldószerek vagy víz, mint oldószer alkalmazásával. Ennek keretében nagyhatékonyságú áramlásos kémiai átalakításokat is végzünk
- bifunkciós vegyületek szintézise, melynek keretében enantioszelektív módon állítunk elő aminosavakat és ezek származékait. Ezen építőelemeket alkalmazva katalitikus aktivitással rendelkező foldamerek és peptidek is előállításra kerülnek.
- heterociklusos kémia, ahol potenciálisan bioaktív nitrogén tartalmú heterociklusokat állítunk elő nagyhatékonyságú szintézistechnikák felhasználásával. Az így kapott vegyületek bekerülnek az intézet molekulatárába is.
