Szeretnenk felhivni figyelmet, hogy csutortok delutanonkent
(4.30-6.00) a Nagyvarad teri Elmeleti Tomb barna termeben BIOINFORMATIKA
kurzus kezdodott, dr. Miklós Istvan (ELTE) eloadasaban, ennek
tematikajat is mellekeljuk.
Minden erdeklodot szeretettel varunk az eloadasokra, kerjuk, ha
ismerose, kollegaja szemelyes email uzenetet kivan kapni, adja meg email
cimet. Ha valaki nem kivan ezentul ertesitest kapni, ezt is kerjuk
jelezze.
Barati udvozlettel
Dr. Falus Andras
egyetemi tanar
es a Semmelweis Egyetem AOK Tudomanyos Bizottsaga
BIOINFORMATIKA ÉS GENOM ELEMZÉS AZ ORVOSTUDOMÁNYBAN http://ramet.elte.hu/~miklosi/Bioinformatika/2005SOTE/ 2005. szeptember 14-től hetente csütörtök 4.30-6.00, NET Barnaterem 1. Bevezetés A bioinformatika története. A bioinformatika tárgya, alkalmazási területei ma. Genom projektek. Trendek. A bioinformatikai gondolkodás: komparatív bioinformatika, evolúcióbiológiai elméletek a bioinformatikában. 2. Információkeresés az adatbázisokban I. Keresés az adatbázisok annotációiban. Integrált információkeresés: NCBI?Entrez. Integrált keresés a genom-projektek eredményeiben. Genom-böngészők: Ensembl, UCSC. 3. Információkeresés az adatbázisokban II. Genebank flatfile formátum, fasta, gtf formátum. A web programozási nyelveinek és metanyelveinek (HTML, XML, CGI, PHP) bemutatása. Adatbányászás. 4. Szekvencia-összehasonlítások Páronkénti összehasonlítások: ?dot-plot?. Pontozási módszerek, helyettesítési mátrixok. Hézagok pontozása. Lokális vs. globális illesztés. A többszörös szekvenciaillesztés filozófiája. NépszerÚ szekvenciaillesztő programok. Szekvenálási adatok kezelése, ellenőrzése. Kontigok összeállítása. Restrikciós endonukleáz hasítóhelyek keresése. Primertervezés. Új szekvencia elhelyezése az elsődleges adatbázisban. 5. Hasonlósági keresések szekvencia-adatbázisokban Keresés lokális illesztési algoritmusokkal: webes implementációk. A BLAST programcsalád. Rejtett Markov modellek, a Pfam adatbázis. Távoli fehérjeszekvencia-hasonlóságok kimutatása. Hasonlósági keresők öszehasonlítása. A fals pozitív találatok okai és kiszÚrésük, repetitív szekvenciák, vektorszennyezés. 6.. Molekuláris filogenetikai elemzések A filogenetikai elemzés áttekintése: filogenetikai szignál, filogenetikai fák. Evolúciós változások, távolságok becslése: szubsztitúciós modellek (aminosav és nukleotid). A filogenetikai rekonstrukció módszerei: parszimónia, Maximum likelihood, Bayes-statisztika. Patogének evolúciója. 7. SNP Variációk a humán genomban: egyedi nukleotid polimorfizmus (SNP), elmélet (koaleszcens, rekombinációs gráfok, pedigré-elemzések), módszer, orvosbiológiai alkalmazás. 8. Struktúrák predikciója biológiai szekvenciákban Ab initio és komparatív predikciók. Funkcionális helyek, régiók detektálása a DNS-ben. Kódoló régiók, exon?intron határok predikciója. Alternatív splicing. Fehérjecsalád, -domén, funkcionális hely adatbázisok és az azokban való homológiakeresés. Funkcionális predikció. Fehérjék térszerkezetének homológia-modellezése. Molekula mechanikai/dinamikai módszerek. Gyógyszertervezés a fehérjék térszerkezetének ismeretében. 9. Genom szintÚ mutációk A humán genom szerkezete. Duplikációk, génvesztések. Genomátrendeződések ábrázolása dot-plottal és töréspontgráffal. End Sequence Profiling (ESP). Orvosbiológiai alkalmazás: human cancer genome projectek. 10. Hálózatok Biokémiai hálózatok. Reguláris hálózatok. Fehérjeinterakciós térképek. Gyógyszertargetek tervezése hálózatok alapján. 11. Génexpressziós elemzések. Proteomika EST projektek, EST klaszterezés. DNS-chip adatok klaszteranalízise. Fehérjeazonosítás: 2D gélelektroforézis, tömegspektrometriai eredmények értékelése. 12. Betegséggének. Új emberi ?jelölt?gének azonosítása, új gyógyszertargetek kiválasztása 13. Pathogének azonosítása, mikrobiológiai adatelemzés 14. Genetikai adat- etikai, jogi aspektusok
