A Semmelweis Egyetem Ellenőrzési Igazgatóság alapvető célja az Egyetem működésével és gazdálkodásával kapcsolatos belső ellenőrzések elvégzése, számot adni arról, hogy a vizsgált területek az államháztartási pénzeszközökkel, vagyonnal szabályszerűen, szabályozottan, gazdaságosan, hatékonyan és eredményesen gazdálkodnak-e, a számviteli és bizonylati rendet betartják-e. A belső ellenőrzés feladatai közé tartozik a vizsgált folyamatokkal kapcsolatban megállapításokat, következtetéseket és javaslatokat megfogalmazni a kockázati tényezők, hiányosságok megszüntetése, a szabálytalanságok megelőzése, illetve feltárása érdekében.

A belső ellenőrzési tevékenység szabályrendszerét az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény, a költségvetési szervek belső kontrollrendszeréről és belső ellenőrzéséről szóló 370/2011. (XII. 31.) Korm. rendelet, a köztulajdonban álló gazdasági társaságok belső kontrollrendszeréről szóló 339/2019. (XII. 23.) Korm. rendelet, a nemzetközi és magyarországi belső ellenőrzési standardok, valamint a Belső Ellenőrzési Kézikönyv tartalmazzák.