Spermafeldolgozást végzünk akkor is, ha a mintát ondófelhelyezéshez (intrauterin inszemináció) vagy szervezeteten kívüli megtermékenyítéshez tervezzük felhasználni. A feldolgozás módját körültekintően választjuk meg a korábbi eredmények figyelembevételével és a natív minta vizsgálata alapján.
A cél az, hogy a folyamat végén a tervezett kezeléshez legmegfelelőbb, nagyrészt jól mozgó hímivarsejteket tartalmazó feldolgozott mintát kapjunk. A minta feldolgozása 2-3 órát is igénybe vehet, és ezt követően a hímivarsejtek akár 2-3 napig is megőrzik életképességüket. A tervezett beavatkozásra (IUI vagy IVF megtermékenyítés) általában a mintaadás napján kora délután kerül sor.
Különleges kihívást jelentenek embriológusaink számára azok az esetek, amikor a spermamintában még a feldolgozás után is csak elvétve található spermium (cryptozoospermia). Ilyenkor minden esetben ICSI módszerrel végezzük a megtermékenyítést. Súlyosabb esetekben akár több órát is igénybe vehet, hogy a mikroszkóp alatt megfelelő számú életképes hímivarsejtet gyűjtsünk össze az összes rendelkezésre álló petesejt megtermékenyítéshez.