Az igazgatóság főbb feladatai: az Innovációs és Technológiai Minisztériuma által a Semmelweis Egyetem részére meghatározott keretszámok alapján egyetemi szintű költségvetés és beszámoló elkészítése,  a külső, illetve az államháztartással szembeni kötelezettségek rendezése, kapcsolattartás az NAV, Társadalombiztosítási Igazgatóság, Központi Statisztikai Hivatal, Állami Számvevőszék, KEHI, az Országos Egészségbiztosítási Pénztár és a könyvvizsgáló cégek munkatársaival, a szállítói számlák ..