A Gazdasági Főigazgatósághoz tartozó szervezeti egységek a következők:
- Titkárság
- Gazdálkodás-felügyeleti Osztály
- Beszerzési Igazgatóság
- Beszerzés-minősítési és Közbeszerzési Főosztály
- Beszerzés-tervezési és minősítési Osztály
- Közbeszerzési Osztály
- Beszerzési Osztály
- Beszerzési szerződés-előkészítő Osztály
- Beszerzés-minősítési és Közbeszerzési Főosztály
- Egészségügyi Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Tömbigazgatóságok
- Belső Klinikai Tömbigazgatóság
- Külső Klinikai Tömbigazgatóság
- Városmajori Klinikai Tömbigazgatóság
- Tömő utcai Klinikai Tömbigazgatóság
- Szent Rókus Klinikai Tömbigazgatóság
- Corvin-negyedi Klinikai Tömbigazgatóság
- Szak- És Továbbképzési Központ Gazdasági Hivatala
- Tömbigazgatóságok
- Kontrolling Igazgatóság
- Tervező-elemző Osztály
- Keretgazdálkodási Osztály
- AVIR Információs Központ
- Pénzügyi Igazgatóság
- Pénzügyi Osztály
- Számviteli Osztály
- Oktatási Hálózat-irányítási Igazgatóság
- KariGazdasági Igazgatási Egységek:
- ÁOK, EKK, ETK, FOK, GYTK, PAK kari gazdasági feladatait ellátó szervezeti egységek
- Összevont Elméleti Tömbigazgatóság
- Anatómiai Tömb, NET, EOK, Ferenctéri Tömb
- Központi Könyvtár Gazdasági Hivatala
- Kollégiumok Igazgatósága Gazdasági Hivatala
- Nemzetközi Hallgatók Képzési KP Gazdasági Hivatala
- Szakképző Intézmények Igazgatóságának Gazdasági Hivatala
- KariGazdasági Igazgatási Egységek:
- Központi Gazdasági Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Innovációs Központ Gazdasági Hivatala
- Műszaki-Informatikai Főigazgatóság Gazdasági Hivatal
- Vagyongazdálkodási Igazgatóság
- Vagyongazdálkodási Osztály
- Helyiség-gazdálkodási Csoport
- Központi Raktár
- Selejtezési Bizottság
- Vagyongazdálkodási Osztály