A Gazdasági Főigazgatósághoz tartozó szervezeti egységek a következők:
- Titkárság
- Gazdálkodás-felügyeleti Osztály
A Kontrolling és gazdasági hálózatok körében tartozó feladatokat ellátó szervezeti egységek a költségvetésért és kontrollingért felelős gazdasági főigazgató-helyettes irányítása alá tartoznak:
- Kontrolling Igazgatóság
- Tervező-elemző Osztály
- Keretgazdálkodási Osztály
- AVIR Információs Központ
- Egészségügyi Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Belső Klinikai Tömbigazgatóság
- Külső Klinikai Tömbigazgatóság
- Városmajori Klinikai Tömbigazgatóság
- Tömő utcai Klinikai Tömbigazgatóság
- Szent Rókus Klinikai Tömbigazgatóság
- Corvin-negyedi Klinikai Tömbigazgatóság
- Amerikai úti Klinikai Tömbigazgatóság
- Orvosi Rehabilitációs Tömbigazgatóság
- Oktatási Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Kari Gazdasági Igazgatási Egységek:
- ÁOK, EKK, ETK, FOK, GYTK, PAK kari gazdasági feladatait ellátó szervezeti egységek
- Központi Könyvtár Gazdasági Hivatala
- Kollégiumok Igazgatósága Gazdasági Hivatala
- Nemzetközi Hallgatók Képzési KP Gazdasági Hivatala
- Szakképző Intézmények Igazgatóságának Gazdasági Hivatala
- Szak- És Továbbképzési Központ Gazdasági Hivatala
- Doktori Iskola Gazdasági Hivatala
- Testnevelési És Sportközpont Gazdasági Hivatala
- Központi Gazdasági Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Műszaki- Informatikai Gazdasági Hivatal
- Kari Gazdasági Igazgatási Egységek:
A Központi feladatokat ellátó szervezeti egységek a pénzügyekért és vagyongazdálkodásért felelős gazdasági főigazgató-helyettes irányítása alá tartoznak:
- Pénzügyi Igazgatóság
- Pénzforgalmi Osztály
- Bevételkezelési Osztály
- Számviteli Osztály
- Pályázati és KFI Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Innovációs Központ Gazdasági Hivatala
- KFI Szervezetek Gazdasági Hivatala
- Vagyongazdálkodási Igazgatóság
- Vagyon-és helyiséggazdálkodási Osztály
- Készletgazdálkodási osztály
- Központi Raktár
- Selejtezési Bizottság