A Gazdasági Főigazgatósághoz tartozó szervezeti egységek a következők:
- Titkárság
- Gazdálkodás-felügyeleti Osztály
- Beszerzési Igazgatóság
- Beszerzés-minősítési és Közbeszerzési Főosztály
- Beszerzés-tervezési és minősítési Osztály
- Közbeszerzési Osztály
- Beszerzési Osztály
- Beszerzési szerződés-előkészítő Osztály
- Beszerzés-minősítési és Közbeszerzési Főosztály
- Egészségügyi Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Tömbigazgatóságok
- Belső Klinikai Tömbigazgatóság
- Külső Klinikai Tömbigazgatóság
- Városmajori Klinikai Tömbigazgatóság
- Tömő utcai Klinikai Tömbigazgatóság
- Szent Rókus Klinikai Tömbigazgatóság
- Egyes Egészségügyi feladatokat Ellátó Szervezeti Egységek Gazdasági Hivatala
- Laboratóriumi Medicina Intézet gazdasági feladatait ellátó egység
- Szak- És Továbbképzési Központ Tovcábbképzési Hivatala
- Tömbigazgatóságok
- Kontrolling Igazgatóság
- Tervező-elemző Osztály
- Keretgazdálkodási Osztály
- AVIR Információs Központ
- Pénzügyi Igazgatóság
- Pénzügyi Osztály
- Számviteli Osztály
- Oktatási Hálózat-irányítási Igazgatóság
- KariGazdasági Igazgatási Egységek:
- ÁOK, EKK, ETK, FOK, GYTK, PAK kari gazdasági feladatait ellátó szervezeti egységek
- Összevont Elméleti Tömbigazgatóság
- Anatómiai Tömb, NET, EOK
- Központi Könyvtár Gazdasági Hivatala
- Kollégiumok Igazgatósága Gazdasági Hivatala
- Nemzetközi Hallgatók Képzési KP Gazdasági Hivatala
- Szakképző Köznevelési Intézmények Igazgatóságának Gazdasági Hivatala
- KariGazdasági Igazgatási Egységek:
- Központi Gazdasági Hálózat-irányítási Igazgatóság
- Innovációs Központ Gazdasági Hivatala
- Műszaki Főigazgatóság Gazdasági Hivatala
- Szakképző Köznevelési Intézmények Gazdálkodásfelügyeleti Igazgatósága
- Vagyongazdálkodási Igazgatóság
- Beszerzési Tervezési és Minősítési Osztály
- Helyiséggazdálkodási Csoport
- Központi Raktár
- Beszerzési Tervezési és Minősítési Osztály