A Gazdasági Főigazgatósághoz tartozó szervezeti egységek a következők:

  • Titkárság
  • Gazdálkodás-felügyeleti Osztály
  • Beszerzési Igazgatóság
    • Beszerzés-minősítési és Közbeszerzési Főosztály
      • Beszerzés-tervezési és minősítési Osztály
      • Közbeszerzési Osztály
    • Beszerzési Osztály
    • Beszerzési szerződés-előkészítő Osztály
  • Egészségügyi Hálózat-irányítási Igazgatóság
  • Kontrolling Igazgatóság
    • Tervező-elemző Osztály
    • Keretgazdálkodási Osztály
    • AVIR Információs Központ
  • Pénzügyi Igazgatóság
    • Pénzügyi Osztály
    • Számviteli Osztály
  • Oktatási Hálózat-irányítási Igazgatóság
    • KariGazdasági Igazgatási Egységek: 
      • ÁOK, EKK, ETK, FOK, GYTK, PAK kari gazdasági feladatait ellátó szervezeti egységek
    • Összevont Elméleti Tömbigazgatóság 
      •  Anatómiai Tömb, NET, EOK
    • Központi Könyvtár Gazdasági Hivatala
    • Kollégiumok Igazgatósága Gazdasági Hivatala
    • Nemzetközi Hallgatók Képzési KP Gazdasági Hivatala
    • Szakképző Köznevelési Intézmények Igazgatóságának Gazdasági Hivatala
  • Központi Gazdasági Hálózatirányítási Igazgatóság
    • Innovációs Központ Gazdasági Hivatala
    • Műszaki Főigazgatóság Gazdasági Hivatala
  • Szakképző Köznevelési Intézmények Gazdálkodásfelügyeleti Igazgatósága
  • Vagyongazdálkodási Igazgatóság
    • Beszerzési Tervezési és Minősítési Osztály
      • Helyiséggazdálkodási Csoport
    • Központi Raktár