A COVID-VE GP és HOSP kutatás SARS-CoV-2 szekvenálási eredményeinek elemzése, Magyarország, 2023. szeptember 29 – december 3. (39-48. hét)
A SARS-CoV-2 JN.1 variánsa 2023. november közepétől már kimutatható Magyarországon a légúti tünetekkel orvoshoz forduló COVID-betegek mintájából, de az adataink azt mutatják, hogy 2023 decemberének első hetében még nagy valószínűséggel az Eg.5 (Eris) okozta a hazai megbetegedések nagyobb hányadát. A JN.1 variánst 2023 végén döntően budapesti lakosok légúti mintájából sikerült kimutatni.
Várható, hogy a JN.1 variáns fokozatosan átveszi a dominanciát a többi SARS-CoV-2 vírusváltozattól Magyarországon is, ahogy ez az európai, az egyesült államokbeli és a globális adatokból is látható. A JN.1 fertőzőképessége magas, ezért a COVID-19 járványos terjedésének növekedésére kell számítani.
A 2023. szeptember 29-december 3. közötti időszakban a COVID-19 védőoltás-eredményesség (VE) vizsgálatban összesen 77 háziorvos szolgáltatott légúti mintákat és adatokat. A háziorvosok által minősítetten COVID-19 esetdefiníciónak megfelelő betegektől vett 384 minta közül PCR vizsgálattal összesen 129 bizonyult SARS-CoV-2-pozitívnak (33,6%).
Ugyanezen időszakban légúti tünetekkel a Semmelweis Egyetem (SE) Sürgősségi Betegellátó Osztályára felvett betegek közül a COVID-19 esetdefiníciónak megfelelő betegektől vett 24 minta közül PCR-vizsgálattal összesen kilenc adott SARS-CoV-2-pozitív eredményt (37,5%).
Az SE Laboratóriumi Medicina Intézetében végzett SARS-CoV-2 PCR-vizsgálattal pozitív eredményt adó mintákból a mintában lévő víruskópiaszámmal arányos un. CT érték alapján kiválogatott 104 mintát küldtünk a SARS-CoV-2 vírus variánsait azonosító szekvenálásra a molekuláris mikrobiológiai laboratóriumba. 95 minta az alapellátásban megjelent betegektől, kilenc pedig a kórházban ellátott betegektől származott.
A szekvenálás elvégzése után 15 esetben (11 háziorvostól származó és négy kórházban fekvő betegtől származó minta esetében) sikertelen volt a variáns-megfeleltetés, de 89 minta (84 háziorvostól és 5 kórházi betegtől származó minta) esetében a genetikai vizsgálat sikeresen azonosította a SARS-CoV-2 vírus egy-egy variánsát. (1. táblázat)
1.táblázat
Az azonosított vírusvariánst tartalmazó mintát szolgáltató betegek száma és megoszlása nem és korcsoportok szerint, COVIDVE GP és HOSP projekt, Magyarország, 2023 szept-dec. (N=89)
A betegek 60%-a (59,5%) volt nő és 40%-a férfi. A 18-79 éves korcsoportokban közel egyenletesen oszlottak meg a betegek, a 80-89 évesek csoportjában kb. fele/harmad annyi beteg volt, mint a többi korcsoportban. A legfiatalabb beteg 18 éves, a legidősebb 85 éves volt.
A háziorvosoknál jelentkező 84 beteg medián életkora 49 évnek adódott, 50 fő (59,5%) volt nő és
34 fő férfi. A kórházi ápolásra szoruló öt beteg (2 férfi, 3 nő) medián életkora 81 év volt (2 fő a 70-79, 3 fő a 80-89 éves korcsoportba tartozott). (1. ábra)
1.ábra
A legtöbb ismertté vált variánsú minta a 45 – 47. hétről (november) származott (14-15-16 minta/hét). A vizsgált időszakban a leggyakrabban az EG.5.1 jelű variánst (Eris) azonosították (27 minta, az összes minta 30%-a), mely egy-egy hét kivitelével a teljes időszakban rendszeresen, azonos mértékben fordult elő. (2-3. ábra)
2. ábra
Ezt követte az XBB.1.16 variáscsoport (Arcturus: 9 minta- 10%) illetve változatai (XBB.1.5 – 3 minta, 3,4%; XBB.1.9 – 4 minta, 4,5%), melyek az egész vizsgált időszakban jelen voltak, de leggyakrabban a szeptember – októberi hetekben fordultak elő.
A BA.2.86 jelű variáns (Pirola) a 43-47. hét között volt kimutatható (5 minta, 5,6%). Ugyanebben az időszakban (44-48. hét) a GS.4.1 kissé gyakrabban fordult elő (8 minta, 9%). Hasonló időszakban és gyakorisággal volt azonosítható a HK.3 (6 minta, 6,7%) és a JG.3 variáns (7 minta, 8%) is.
A JN.1 variáns a hazai kutatási mintákban a 46. héten (november közepe) tűnt fel, és azután, 3 hét alatt 5 mintában (5,6%) azonosították (Budapest – 4 minta; Vasmegyer, Szabolcs-Szatmár-Bereg megye – 1 minta). Három minta háziorvosi ellátásból származott, kettő kórházi volt. Két beteg aktív korú (20-29 illetve 40-49 éves), hárman az időskorúak körébe (2 fő a 70-79 évesek, egy pedig a 80-89 évesek korcsoportjába) tartoztak.
3. ábra
A leggyakoribb SARS-CoV-2 variánsok (EG.5.1, az XBB.1 család) minden korcsoportban előfordultak.
A többi variáns megítélése a kis esetszámok miatt bizonytalan. (4. ábra)
A JN.1 variáns a 70 éven felüliek körében nagyobb arányban volt jelen (70-79 évesek: 2, 80-89 évesek: 1 eset), de a 80 éven felüliek csoportja fele olyan létszámúnak adódott, mint a többi. Ugyanakkor a 18-29 és a 40-49 éveseken (1-1 eset) kívül más korcsoportokat nem érintett.
4. ábra
Az egyes SARS-CoV-2 variánscsoportok a vizsgált időszakban Magyarország területén az alábbiak szerint fordultak elő
(5. ábra):
5. ábra
A leggyakrabban azonosított SARS-CoV-2 variánsokat tartalmazó minták a mintavétel helye (település) szerint,
VEBIS GP és HOSP kutatás, Magyarország, 2023. szept-dec. (N=89)
Kapcsolódó információk
- COVID-19 Epidemiological Update, Edition 162, published 22 December 2023, WHO
Elérhető: https://www.who.int/publications/m/item/covid-19-epidemiological-update—22-december-2023 - Communicable Disease Threats Report (CDTR): 2024. 2. hét. ECDC
Elérhető: https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/communicable-disease-threats-report-7-13-january-2024-week-2 - Variant Proportions, CDC. Elérhető: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions
A jelentést készítette az 
RRF-2.3.1-21-2022-00006 Egészségbiztonság Nemzeti Laboratórium projekt 