Die Semmelweis Universität setzt seit 2011 das Moodle-System ein, welches den technischen Hintergrund des E-Learnings bietet.
Moodle nutzt die Kursdaten vom Neptun, so können die Studierenden nach dem Einloggen die eigenen Kurse auf dieser Homepage sehen. Die Lehrer haben die Möglichkeit, ihre Lehrmaterialien zu teilen, im Kursforum mit den Lernenden zu kommunizieren oder sogar Online-Tests und Onlineprüfungen zu organisieren. Neben der Basisfunktion besitzt Moodle zahlreiche weitere Funktionen zur Unterstützung der Lehre, so gibt es eine individuelle Stundenplanfunktion oder eine E-Hausaufgaben-Funktion, wo man zu den statischen Inhalten Fragen stellen oder Aufgaben geben kann. Die Lehrer können mit der Hilfe vom Zoom oder Big Blue Button Videokonferenzen oder Webinare zu ihren Kursen halten. In Moodle können sich Lehrende mit dem SeKa-Code einloggen.
Über die Nutzung vom Moodle ist (nach dem Einloggen) eine ausführliche Beschreibung zu lesen.
Der Rektor der Semmelweis Universität hat am 11. März 2020 die Einführung von Fernunterricht ab dem 23. März 2020 verordnet. Laut der Anweisung des Rektors und des Kanzlers können alle Vorlesungen, Konsultationen als Fernunterricht gehalten werden und auch einige Elemente der Praktika, z.B. die Ausstrahlung von Operationen oder Präsentationen.